מותו הפתאומי של בנו השני של יהודה ממחיש התערבות אלוהית ישירה ונוקבת, המגיבה למעשה של אנוכיות והשחתה מוסרית. הכתוב מדגיש את הקשר ההדוק שבין חטאו של אונן לבין עונשו הסופי, תוך יצירת הקבלה טראגית לגורלו של אחיו הבכור.
המילים גַּם־אֹתוֹ מלמדות כי שני האחים, ער ואונן, מתו בעקבות חטא זהה של השחתת זרעם [רשב"ם, רד"ק, רבנו בחיי]. עם זאת, המניעים למעשיהם היו שונים: בעוד שאונן השחית את זרעו משום שידע שהצאצאים לא יישאו את שמו אלא יחשבו לזרע אחיו המת, ער עשה זאת מתוך רצון אנוכי למנוע מאשתו תמר להתעבר, כדי שלא יוכחש יופייה הפיזי [רשב"ם, רבנו בחיי].
הביטוי אֲשֶׁר עָשָׂה מדגיש כי עצם המעשה הפיזי של השחתת הזרע היה חמור מספיק כדי לחייבו מיתה, מעבר לעצם הסירוב להקים זרע לאחיו. כעונש של מידה כנגד מידה, המעשה שנועד למנוע חיים ממשיים גרם לכך שאונן עצמו לא יזכה להאריך ימים ולהעמיד צאצאים משלו [העמק דבר]. בניגוד לער, שחטאו נותר סתום, הכתוב בוחר לפרש במדויק את טיב מעשהו של אונן [ביאור שטיינזלץ].
הגדרת המעשה במילים וַיֵּרַע בְּעֵינֵי ה׳ קושרת את חטאו של אונן לחטאיהם של דור המבול ואנשי סדום, שגם עליהם נאמר שהיו רעים בעיני ה' בשל מעשי השחתה [רבנו בחיי]. בנוסף, ביטוי זה מלמד כי אדם המביא עצמו לידי הרהורי עבירה ושוקע בתאוות, מטמא את נפשו, הופך את הרגשותיו לגסים, ומונע מעצמו את האפשרות לשהות במחיצתו של ה' ולהידבק במחשבות טהורות [תורה תמימה].
עונש המיתה שהוטל על האחים מעורר קושי, שכן על פי המסורת מתו ער ואונן בצעירותם [ביאור שטיינזלץ], בהיותם בני שמונה שנים בלבד. עובדה זו מעלה תמיהה, שהרי בית דין של מעלה אינו נוהג להעניש אדם לפני גיל עשרים. ההסבר לכך הוא שבעוד שכלל זה תקף לגבי ענישה קולקטיבית של אומה שלמה, בדינו של אדם יחיד העונש אינו תלוי בגיל כרונולוגי אלא בבשלות הדעת והמחשבה. גם ילד צעיר יכול להיות ערמומי ומודע למעשיו, ומכיוון שה' בוחן את כליות ולב, האחים נענשו בחומרה על בחירתם המודעת ברע [ריב"א, הדר זקנים].
לחטאם הנסתר של האחים הייתה השלכה גורלית על תמר. מכיוון שיהודה לא ידע על מעשיהם הרעים של בניו, הוא הניח בטעות שתמר היא אישה "קטלנית" – אישה שמזלה רע וגורם למות בעליה. אילו היה יודע שכל אחד מבניו מת בעטיו של חטאו האישי, החשש מפניה לא היה מתעורר כלל [משכיל לדוד]. לבסוף, מסורת קדומה רומזת כי בעוד שעל ער, הבן הבכור, לא נהגו דיני אבלות כמקובל, שמו של אונן (מלשון אנינות ואבל) מרמז על כך שעליו עתיד היה אביו להתאבל [תורה תמימה].