מיתתו הפתאומית של צעיר שנועד לגדולות מעוררת שאלות רבות. הכתוב סותם ואינו מפרש במפורש את חטאו של בכור יהודה, אך מותיר רמזים המאפשרים לצלול אל טיב מעשיו, מניעיו ומידת הדין האלוהית שהופעלה כלפיו.
הכתוב מציין כי עֵר היה רַע בְּעֵינֵי ה'. הפרשנים מסבירים כי מדובר היה בחטא נסתר מעיני הבריות, שנעשה בחדרי חדרים והיה ידוע רק לה׳ [ספורנו, רד"ק]. באמצעות השוואה להמשך הסיפור, הפרשנים לומדים על מהות החטא: מכיוון שאצל אחיו אונן נאמר שה׳ המית "גם אותו", המסקנה היא ששניהם חטאו באותו מעשה ונענשו באותו עונש של השחתת זרע [רש"י, תורה תמימה, ביאור יש"ר]. רמז לכך מוצאים הפרשנים במשחק מילים מהותי: שמו של עֵר הוא היפוך אותיות של המילה רַע. במעשיו, הוא הפך את טבעו ואת ייעודו, וכאשר אדם הופך את דרכו, הוא נופל ומאבד את קיומו [רא"ש, בכור שור].
בניגוד לאונן, שהיה לו מניע ברור שלא להקים שם לאחיו, עולה השאלה מדוע עֵר בחר להשחית את זרעו [מזרחי, שפתי חכמים]. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שעֵר עשה זאת כדי שתמר לא תתעבר, מתוך רצון לשמור על יופייה החיצוני שלא יפגם בעקבות ההיריון. דעה נוספת מציעה שמניעיו נבעו מאנוכיות גרידא, שכן הוא ביקש ליהנות מבלי לשאת בטורח ובצער הכרוכים בגידול ילדים [בכור שור]. בעקבות מעשים אלו, תמר נותרה למעשה בתולה, עובדה בעלת משמעות להמשך קורותיה עם יהודה [בכור שור, חזקוני].
מדוע נענש עֵר בעונש מוות חמור כל כך? הכתוב מדגיש את עובדת היותו בְּכוֹר יְהוּדָה. מתוקף מעמדו זה, הוא היה מיועד להיות אבי שושלת המלוכה של בית דוד. לכן, הוא נשפט באמת מידה מחמירה במיוחד; מעשה שאולי לא היה גורר עונש מוות בידי שמיים לאדם רגיל, הפך אותו לבלתי ראוי בעליל להעמיד זרע מלוכה [העמק דבר, מלבי"ם].
סוגיה נוספת שנידונה בהקשר לעונשו היא גילו. כיצד הוענש במוות בידי שמיים אם טרם הגיע לגיל עשרים, שהוא גיל העונשין בבית דין של מעלה? יש המתרצים כי אדם צעיר נידון אם חכמתו משתווה לזו של בן עשרים, או שמא אכן היה מבוגר יותר [הטור הארוך]. גישה אחרת מציעה כי ה׳ המיתו בדמי ימיו דווקא לטובתו, בטרם יהפוך את החטא להרגל קבוע, או שמותו נגרם משילוב של חטאו האישי יחד עם עונש על כך שאביו לא השלים מצווה בעברו [פרדס יוסף].
עם זאת, גישה בולטת קובעת כי הכתוב בחר להדגיש שעֵר מת בעוונו שלו, וזאת כדי להבהיר שמותו לא היה עונש ליהודה על חלקו במכירת יוסף, שכן עצם הצלת חיי יוסף עמדה לזכותו של יהודה. אובדן זה של בנים היה שכול חריג וייחודי בבית האבות, דבר שגרם ליעקב אבל כבד, שכן הוא ראה בכך עונש אלוהי חמור מעבר לעצם צערו הטבעי על מות נכדו [רמב"ן, הטור הארוך, ביאור יש"ר].