יהודה מצווה על בנו אונן לשאת את תמר, אלמנת אחיו ער שמת ללא בנים, כדי להעמיד לו צאצאים. ציווי זה חושף נוהג עתיק וסודות רוחניים עמוקים הנוגעים להמשכיות המשפחה והנפש.
רוב הפרשנים מסכימים כי מנהג הייבום היה קיים כחוק קדום ומוכר עוד לפני שניתנה התורה [רד"ק, אם למקרא]. מדובר בסוד גדול מסודות התורה הקשור בתולדות האדם ותיקון הנפש, שכן הייבום משמש כגאולה וכ"משיב נפש" לאח המת, ומונע ממקורו הרוחני להיפסק ולהיכרת [רמב"ן, רקנאטי]. בעוד שבימי קדם נהגו שכל קרוב משפחה (כגון האב או אחים מהמשפחה המורחבת) יכול היה לייבם את האלמנה כדי להביא תועלת לנפש המת, התורה הגבילה זאת לאחר מכן לאחיו מאביו בלבד. צמצום זה נועד לאפשר את קיום מצוות הייבום מבלי להתנגש עם איסורי עריות חמורים אחרים [רמב"ן, ביאור יש"ר, חזקוני]. יהודה היה למעשה הראשון שהפך את הייבום ממנהג של חמלה ורשות לחובה משפחתית מוחלטת, ומשום שאונן הוכרח לקיים חובה זו בעל כורחו, הוא בחר להשחית את זרעו בסתר [מזרחי].
באשר לפקודה וְיַבֵּם אֹתָהּ, הפרשנים נחלקו במשמעותה הלשונית והמעשית. גישה אחת מסבירה כי זהו פועל הנגזר משם העצם "יבם" (גיס), ומשמעותו פשוטה: הראה את יבמותך וקיים את המצווה לקחת אותה לאישה [אבן עזרא, אבי עזר, מלבי"ם]. מנגד, יש המפרשים זאת כפועל של פעולה והופכה (כמו המילה "לשרש"), כלומר: הסר ממנה את תואר ה"יבמה" הממתינה, על ידי נישואין [חזקוני, מחוקקי יהודה]. מבחינה מהותית, יהודה מזהיר את אונן לגשת אל אשת אחיו אך ורק לשם קיום מצוות הייבום ולא לשם הנאה גופנית, כדי שלא ייכשל בחטא כפי שקרה לאחיו [אלשיך]. דעה נוספת גורסת כי הפועל בלשון המקרא מתייחס לעצם קיום יחסי האישות פעם אחת בלבד לשם המצווה, אף אם בכוונת המייבם לגרש את האישה מיד לאחר מכן, דבר שאונן סירב לעשות [העמק דבר].
הציווי וְהָקֵם זֶרַע לְאָחִיךָ עורר פולמוס פרשני מרתק בעקבות פירושו של רש"י, שכתב: "הבן ייקרא על שם המת". הרמב"ן יצא בתקיפות נגד פירוש זה, בטענה שאין כל חובה לקרוא לרך הנולד בשמו הפרטי של האח המת (כפי שמוכח ממגילת רות, שם נקרא הבן עובד ולא מחלון). הרמב"ן מוסיף שאונן לא היה משחית את זרעו ומביא על עצמו רעה רק בגלל התנגדות לכך שהתינוק יישא את שם אחיו, שהרי רוב האנשים היו שמחים להנציח כך את קרוביהם.
עם זאת, שורה ארוכה של פרשנים יצאה להגנת רש"י והבהירה את כוונתו. הם מסבירים שרש"י כלל לא התכוון שהבן יישא את שמו הפרטי של המת. הכוונה היא ל"שם" במובן של ייחוס, השתייכות והמשכיות: הילד שייוולד לא ייחשב כבנו של אונן, אלא ייחשב מבחינה מהותית ומשפטית כבנו של האח המת וכיורשו, בעוד המייבם – אביו הביולוגי – משמש רק כממלא מקום [שד"ל, הכתב והקבלה, שפתי חכמים, גור אריה, ביאור שטיינזלץ, ביאור יש"ר]. הבנה זו מסבירה היטב את סירובו של אונן, שידע כי הזרע שייוולד לא ייחשב שלו אלא של אחיו. גישה אחרת המיישבת את דברי רש"י מציעה שבעוד שלאחר מתן תורה אכן אין חובה לתת לתינוק את שם המת, הרי שבתקופה הקדומה של יהודה, המנהג הקדום היה לקרוא לבן הראשון ממש בשמו הפרטי של האח המנוח [מזרחי, דברי דוד].