הגעתו של שאול אל עיר הבירה של עמלק מסמנת את תחילתה של המערכה המכרעת נגד האויב ההיסטורי של עם ישראל. המפגש סמוך לעיר מוביל לעימות גורלי בנחל, אשר מהווה מוקד הן לקרב פיזי והן למאבק מוסרי עמוק בנפשו של המלך.
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילים וַיָּרֶב בַּנָּחַל מתארות את עצם התרחשות המלחמה, כאשר המילה וַיָּרֶב נגזרת מלשון מריבה וקרב. עם זאת, יש המפרשים מילה זו מלשון "מארב", כלומר ששאול הציב כוחות מארב בנחל לקראת ההתקפה [רד"ק]. באשר לאופי הלחימה בנחל ולסיבותיה, הדעות חלוקות. גישה אחת מסבירה כי העמלקים יצאו לקראת ישראל כדי לחסום את גישתם למי הנחל, והקרב הראשון התנהל על השליטה במקורות המים לפני המערכה הגדולה [אברבנאל]. מנגד, יש הסבורים כי שאול בחר במכוון לנהל את המערכה מתוך העמק הנמוך, בניגוד לכללי הטקטיקה הצבאית המעניקים יתרון ליושבים בהר, וזאת כדי להוכיח לעין כל שהניצחון על עמלק אינו תלוי בכוח צבאי אלא נובע מנס גלוי מאת ה' [אהבת יהונתן]. פרשנות נוספת מציעה ששאול יזם סכסוך טריטוריאלי מלאכותי סביב השליטה בנחל כדי לייצר עילה דיפלומטית מקובלת לפרוץ המלחמה, פעולה המעידה על פגם רוחני מסוים, שכן היה עליו לצאת לקרב אך ורק מכוח הציווי האלוהי וללא חיפוש תואנות אנושיות [מלבי"ם].
לצד הפירוש הצבאי, רובד פרשני עמוק רואה במילים וַיָּרֶב בַּנָּחַל תיאור של מאבק פנימי ומוסרי. לפי גישה זו, שאול עמד בנחל ו"רב" ודן עם עצמו, כשהוא עורך קל וחומר הלכתי המבוסס על מצוות עגלה ערופה. הוא טען: אם התורה מחמירה כל כך ודורשת כפרה בנחל על רציחתו של אדם אחד, כיצד אוכל להשמיד אומה שלמה? יתרה מכך, אם המבוגרים חטאו, מה פשעם של הילדים והבהמות? [רש"י]. התלבטות זו גברה, לפי חלק מהדעות, משום שהעמלקים ניסו להתגייר מתוך פחד, מה שגרם לשאול לסבור שציווי ההשמדה כבר אינו תקף עליהם [נחל שורק].
בתגובה לרחמנות זו, יצאה בת קול משמיים והוכיחה אותו: "אל תהי צדיק הרבה", כלומר, אל תהיה צדיק ורחמן יותר ממי שציווה עליך את המלחמה. אולם, שאול קיבל את תוכחת בת הקול רק באופן חלקי, ולכן הרג את העם אך הותיר בחיים את אגג המלך ואת מיטב הבהמות [נחל שורק]. אותה רחמנות מעוותת ומוטעית כלפי עמלק, התהפכה בסופו של דבר לאכזריות נוראה, כאשר לימים שאול לא ריחם על עיר הכהנים נוב והחריב אותה כליל ללא חמלה, ואז יצאה שוב בת קול ואמרה לו: "אל תרשע הרבה" [צאינה וראינה].