לאחר ניסיונות הצדקה, מגיע לבסוף רגע ההודאה של מלך ישראל. שאול מכיר באשמתו ומתוודה בפני הנביא כי חרג מהציווי העליון. עם זאת, גם בתוך וידוי זה מסתתרת מורכבות פסיכולוגית של הסרת אחריות והטלת אשמה על גורמים אחרים.
בדבריו, שאול מפריד בין ההפרה של ציווי הבורא לבין ההפרה של דברי הנביא, באומרו כי עבר אֶת פִּי ה' וְאֶת דְּבָרֶיךָ. רוב הפרשנים מסבירים חלוקה זו בכך שדבר ה' היה הציווי הכללי להכות את עמלק, ואילו דברי שמואל היו התוספת והפירוש המדויק להחרים ולהמית הכל מבלי להשאיר שריד, כדי למנוע טעות של הקדשת השלל לגבוה [אלשיך, אהבת יהונתן]. גישה משלימה רואה בביטוי זה הודאה של שאול בכך שלא רק שעבר על הציווי, אלא אף הרבה דברים כדי לסתור ולהתווכח עם מאמריו של שמואל [מצודת דוד], או פשוט שעבר על המצוות ששמואל מסר לו בשם ה' [רד"ק].
לעומת זאת, יש המזהים בדברים אלו רמז להאשמה סמויה מצד שאול כלפי שמואל. לפי תפיסה זו, שאול חשד ששמואל החמיר מעצמו, והוא רומז שאמנם עבר על דברי שמואל, אך ייתכן שאת כוונתו המקורית של ה' הוא דווקא קיים [אברבנאל].
מיד לאחר ההודאה, שאול ממהר להתנצל ולהסביר את מניעיו בטענה כִּי יָרֵאתִי אֶת הָעָם. הוא טוען כי פחד מהעם ושמע בקולם, ולולא פחד זה היה פועל בדיוק כפי שנצטווה [מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ, צאינה וראינה]. בכך הוא מנסה להציג את עצמו כאדם אנוס שנאלץ להיכנע ללחץ ההמון, בניסיון לפטור את עצמו מאחריות מלאה למעשה [אברבנאל].
אולם, טענה זו של שאול נתקלת בביקורת, שכן הכתוב העיד קודם לכן ש"ויחמול שאול והעם", כלומר ששאול עצמו חמל על השלל ועל אגג, ולא רק נגרר אחרי העם בעל כורחו [אלשיך]. זיהוי ייחודי למושג העם בפסוק מציג פרשנות לפיה הפחד של שאול לא היה מההמון כולו, אלא מאדם אחד ספציפי, דואג האדומי, שמעמדו וחשיבותו היו שקולים כנגד כל העם [רש"י].