הריגת חמשת המלכים במערה הייתה רק שלב אחד במערכה צבאית רחבה. לאחר חיסולם, פנה הפיקוד העליון של ישראל, שהתאסף במקדה, להשמיד את ההנהגה המקומית ואת העיר עצמה [ביאור שטיינזלץ]. כיבוש זה היה חלק ממסע צבאי מהיר ורצוף, ללא הפוגה, שבו נלכדו ערים רבות בזו אחר זו, עד לשובו של העם אל המחנה בגלגל [רלב"ג].
עיתוי התקיפה מוסבר בכך שבתחילה, כאשר יהושע סבר שחמשת המלכים עדיין חיים ונחבאים במערה שמחוץ לעיר, הוא נמנע מלהילחם במַקֵּדָה כדי שלא להיקלע למלחמה בשתי חזיתות. רק עתה, לאחר שהוסר האיום של המלכים, התפנה ללכוד את העיר [מלבי"ם].
באשר לגורלו של המלך המקומי, נאמר כַּאֲשֶׁר עָשָׂה לְמֶלֶךְ יְרִיחוֹ. השוואה זו באה ללמד שמלך מקדה לא נתפס חי ולא נתלה לאחר מכן, כפי שנעשה למלך העי ולחמשת המלכים, אלא הוא נהרג מיד יחד עם שאר חללי העיר במהלך הכיבוש [רד"ק].
מבחינת נוסח הכתוב, קיימים הבדלים במסורות לגבי המילה אוֹתָם. בעוד שבחלק מהספרים והתרגומים הישנים מופיעה המילה בלשון יחיד "אותה", המכוונת אל העיר, בספרים המדויקים מופיעה המילה בלשון רבים "אותם", הכוללת יחד את העיר ואת מלכה [מנחת שי].