כיבוש העיר חברון מהווה שלב נוסף במערכה הצבאית המוחלטת של בני ישראל, תוך החלת מדיניות ההשמדה השיטתית שהופעלה על ערים קודמות כדוגמת עגלון. החרבת העיר אינה מסתכמת במוקד המרכזי בלבד, אלא כוללת את המרחב השלטוני והגאוגרפי כולו. המילים וְאֶת כָּל עָרֶיהָ מכוונות לערים הסמוכות לחברון, וכן לכלל היישובים והאנשים הנמצאים על גבולה ונתונים תחת חסותה [מצודת דוד, רד"ק].
הציון כי בני ישראל הכו וְאֶת מַלְכָּהּ מעורר קושי עלילתי, שכן מלך חברון נמנה עם חמשת המלכים שכבר נתפסו והומתו על ידי יהושע קודם לכן בעקבות מלחמת גבעון. הפרשנים מסכימים כי התשובה לכך היא שלאחר מותו של המלך הראשון, תושבי חברון המליכו עליהם מיד מלך חדש, והוא זה שנהרג בקרב הנוכחי. לצד זאת, קיימת גישה חלופית ולפיה ייתכן שמתחילה שלטו בחברון שני מלכים במקביל [מלבי"ם].
סתירה נוספת עולה מעצם תיאור הכיבוש, המיוחס כאן ליהושע ולכלל ישראל (וַיִּלְכְּדוּהָ). במקומות אחרים במקרא מסופר כי כלב בן יפונה הוא שלכד את חברון והכה את הענקים שבה, ואילו עתניאל בן קנז לכד את העיר דביר. כדי ליישב זאת, מציג [מלבי"ם] שני כיווני פתרון. הפתרון הראשון מבחין בין חלקי הארץ: יהושע הוא שכבש את העיר חברון עצמה, אשר לימים הופרשה והפכה לעיר לוויים, בעוד שכלב כבש רק את השדות, המגרשים והחצרים שסביב העיר. הפתרון השני מציע כי הכיבוש המתואר כאן בוצע בפועל על ידי כלב, בדיוק בנקודת הזמן הזו, לאחר שהזכיר ליהושע את הבטחת משה וקיבל את אישורו לצאת לקרב. מכיוון שכלב, וכמותו גם עתניאל, פעלו תחת פיקודו וסמכותו הישירה של יהושע, המקרא מייחס את הניצחון הצבאי ליהושע עצמו.