תיאור כיבוש הארץ מקבל תפנית כאשר מתברר כי שבט מנשה לא השלים את אחיזתו בנחלה, והותיר מובלעות כנעניות בערים מרכזיות. בניגוד להצלחתם של בית יוסף בכיבוש בית אל, כאן מתגלה התרשלותם של בני מנשה בכיבוש שטחים רבים שהוטל עליהם לרשת [אברבנאל].
הפרשנים חלוקים לגבי הסיבה שבגללה וְלֹא הוֹרִישׁ מְנַשֶּׁה את הערים הללו. גישה אחת מסבירה כי מדובר בחוסר יכולת צבאית, שכן מדובר היה בערים גדולות ומבוצרות מאוד, ולשבט מנשה לא היה את הכוח המספיק לכובשן [ביאור שטיינזלץ]. לעומת זאת, גישה אחרת רואה בכך ביקורת וגנאי על השבט. לפי תפיסה זו, בני מנשה החלו למעול בציווי של ה' להוריש את כל יושבי הארץ [רש"י]. הבדל זה מתחדד בהשוואה לתיאור המקביל בספר יהושע: בעוד שבימי יהושע נאמר שבני מנשה "לא יכלו" להוריש את הכנענים, כעת הם כבר היו מסוגלים לכך מבחינה צבאית, וראו שה' עמהם, אך פשוט לא רצו להילחם [מלבי"ם].
הכתוב מונה שורת ערים, כגון בית שאן, תענך, דור, יבלעם ומגידו, ולצד כל אחת מהן מוזכרות גם בְּנוֹתֶיהָ, כלומר היישובים הקטנים הסמוכים לעיר המרכזית [ביאור שטיינזלץ].
לגבי סיום הפסוק, וַיּוֹאֶל הַכְּנַעֲנִי לָשֶׁבֶת בָּאָרֶץ הַזֹּאת, המילה וַיּוֹאֶל מבטאת רצון [מצודת ציון]. משמעות הדבר היא שהכנענים החליטו והמשיכו לשבת באזורים אלו מתוך בחירה, על אף שהארץ כבר לא נחשבה מבחינה מהותית לארץ כנענית [ביאור שטיינזלץ].