נוכחותם של תושבים זרים בלב ירושלים משקפת מציאות גיאוגרפית והיסטורית מורכבת, שבה השליטה על העיר נותרה חלוקה ומוגבלת במשך דורות רבים. הפסוק מעורר קושי, שכן בספר יהושע נאמר ששבט יהודה הוא זה שלא יכול היה להוריש את יושבי ירושלים, ואילו כאן אי ההורשה מיוחסת אל בְּנֵי בִנְיָמִן. רוב הפרשנים מסבירים כי ירושלים לא הייתה רק עיר מוקפת חומה, אלא מחוז גדול שהתחלק בין נחלותיהם של שני השבטים [רד"ק, אברבנאל, ביאור שטיינזלץ]. בני יהודה הצליחו לכבוש ולהעלות באש את החלק שלהם בעיר, אך בני בנימין לא עשו זאת בחלקם, או שאפשרו ליבוסים לחזור ולהתיישב שם לאחר מכן [אברבנאל]. בנוסף, המבצר החזק של ציון נותר בלתי מנוצח על ידי שני השבטים גם יחד [אברבנאל].
הפרשנים נחלקים בהבנת המונח הַיְבוּסִי ובסיבות להישארותו בעיר. יש המפרשים כי זהו שמה של האומה שישבה במקום [מצודת דוד], ויש הסבורים כי זהו שמו של מחוז ספציפי בתוך ירושלים [רש"י, אברבנאל]. באשר לסיבה שבעטיה לא גורשו תושבים אלו, גישה אחת תולה זאת ברשלנות פשוטה של שבט בנימין, שהתעצל לקיים את מצוות כיבוש הארץ [מלבי"ם]. לעומת זאת, גישה אחרת רואה בכך מניעה משפטית והיסטורית: היבוסים היו מצאצאיו של אבימלך, ובני ישראל היו מנועים מלפגוע בהם בגלל השבועה שנשבע אברהם לאבימלך שלא לפגוע בו, בנינו ובנכדו. שבועה זו עמדה בתוקפה עד ימי דוד המלך, משום שנכדו של אבימלך עדיין היה בין החיים [רש"י, רלב"ג].
המילים עַד הַיּוֹם הַזֶּה מתייחסות לתקופה שבה נכתב ספר שופטים, אשר על פי המסורת חובר על ידי שמואל הנביא [רד"ק, רלב"ג]. למעשה, היבוסים המשיכו לשבת בירושלים גם לאחר מכן, עד שדוד המלך כבש את העיר סופית [רד"ק]. הישארותם של עמים אלו בגבולות ישראל לא הייתה רק עובדה טריטוריאלית, אלא הפכה עבורם למוקש רוחני, כפי שהזהירה התורה מראש [רלב"ג].