דיני הטומאה אינם מצביעים על כך שטומאה כשלעצמה היא מצב אסור בחיי היום־יום, אלא הם מהווים מעין מקבילה ניגודית לעניינו של המקדש. מטרת ההקפדה על הטהרה נוגעת לחיכוך שבין האדם לבין הקודש, ומשמעותה המעשית היא שאדם טמא אינו רשאי לגעת בדברים קדושים או להיכנס למרחב המקודש [ביאור שטיינזלץ, רד"צ הופמן].
המילה וְהִזַּרְתֶּם מופנית אל משה ואהרן, ותפקידם לחנך את העם לשליטה עצמית ולריחוק מכל סוגי הטומאות שתוארו בפרקים הקודמים, כגון טומאת בעלי חיים, יולדת, צרעת והפרשות גוף [בכור שור, רש"ר הירש]. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא ששורש המילה הוא נ.ז.ר (כמו במילה "נזיר"), המבטא פרישה והימנעות, כאשר האות נו"ן נבלעת בדגש של האות זי"ן. הפרשנים שוללים את האפשרות שהמילה נגזרת מהשורש ז.ה.ר (במשמעות של אזהרה), שכן מבחינה דקדוקית האות ה"א לא הייתה נעלמת מהמילה [אבן עזרא, אבי עזר, משכיל לדוד]. מנגד, יש המפרשים את המילה מלשון "זר", כלומר הפיכת בני ישראל לזרים ומרוחקים מן הטומאה, או מלשון פיזור [בכור שור, שפתי כהן].
מתוך ההבנה שהמילה מבטאת פרישה אקטיבית ותוספת קדושה, חכמים למדו מפסוק זה הלכות מעשיות של הרחקה מטומאה. הדרשה המרכזית היא החובה המוטלת על בני הזוג לפרוש זה מזה סמוך לזמן תחילת וסתה של האישה, כדי שלא ייכשלו באיסור החמור של טומאת נידה [רבנו בחיי, תורה תמימה, אדרת אליהו, פרדס יוסף]. בנוסף, נלמדת מכאן החובה לציין ולהבליט קברים, כדי שעוברי אורח ידעו להינזר ולהתרחק ממקום הטומאה [תורה תמימה].
הקשר בין פרישת בני הזוג לבין המשך הפסוק, המדבר על טומאת המשכן, מוסבר בכך ש"איש ואישה שזכו – שכינה ביניהם". לכן, עליהם להיזהר שלא לטמא את הקדושה השוכנת בתוך ביתם [תורה תמימה]. הסבר נוסף הוא שכל אדם, בהיותו נברא בצלם ה', מהווה משכן פרטי לשכינה. כאשר אדם חוטא ונטמא בגופו, הוא מטמא את משכן ה' הפנימי שבתוכו, דבר העלול לגרור אותו להידרדרות רוחנית נוספת [העמק דבר].
החלק השני של הפסוק, וְלֹא יָמֻתוּ בְּטֻמְאָתָם, מתאר את העונש החמור על כניסה למקדש בטומאה. התורה משתמשת כאן במונח "מיתה", מה שמעורר דיון רחב. לפי רוב הפרשנים, העונש האמיתי על טומאת מקדש הוא "כרת" (עונש רוחני הפוגע באדם ובזרעו), אך הפסוק מכנה זאת "מיתה" באופן כללי [רש"י, מזרחי, בכור שור]. הסיבות לשימוש במונח זה מגוונות: כל עונש כרת כולל בתוכו גם מיתה; הפסוק פונה גם לנשים, ועליהן לא חל עונש כרת הכולל את מיתת הזרע; והאזהרה מתמקדת בחייו של האדם עצמו, שכן לא תמיד יש לו ילדים [גור אריה]. כמו כן, השימוש במילה מיתה בא להדגיש שפריחת הקיום הארצי התקין תלויה בשאיפה לטהרה [רש"ר הירש]. מנגד, ישנה דעת מיעוט הסבורה כי אדם רגיל (שאינו כוהן) הנכנס למקדש בטומאה חייב רק ב"מיתה בידי שמים" ולא בעונש החמור של כרת [נתינה לגר, ביאור יש"ר].
סיום הפסוק, בְּטַמְּאָם אֶת מִשְׁכָּנִי אֲשֶׁר בְּתוֹכָם, חושף יסוד תיאולוגי עמוק: גם כאשר בני ישראל שרויים בטומאה, השכינה ממשיכה לשרות בתוכם [תורה תמימה, אדרת אליהו]. דווקא משום כך העונש על הטומאה כה חמור, שכן זהו זלזול ישיר בשכינה הנמצאת עמם תמיד. ה' הציב את משכנו בלב המציאות החומרית והגופנית של האדם, מתוך מטרה לאתגר את העם להתעלות מעל יצריהם. בפניהם ניצבת בחירה: לחנך את עצמם לטהרה ולזכות בחיים, או לשקוע בטומאתם, לעוות את רעיון הטהרה של המשכן השוכן בתוכם, ולהביא על עצמם כליה [רש"ר הירש]. טומאה זו מתוארת כדבר המכלה ומתמם את הכל, אם אין נזהרים מפניה [שפתי כהן].