נחמיה פועל בנחרצות להשבת קדושת המקדש ולתיקון העיוות שנוצר בעקבות חילול לשכות בית ה'. המילה וָאֹמְרָה מבטאת מתן הוראה וציווי מפורש לביצוע הפעולה, שבעקבותיה וַיְטַהֲרוּ הַלְּשָׁכוֹת [רש"י, מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. הטהרה נועדה לנקות את המקום מכל טומאה ומיאוס שדבקו בו [מצודת דוד], כאשר הכוונה היא באופן ספציפי ללשכותיהם של אלישיב וטוביה [רלב"ג].
הפעולה של וָאָשִׁיבָה שָּׁם נועדה להחזיר את המצב לקדמותו, בדיוק כפי שהיה בטרם התיישב טוביה במקום [מצודת דוד], וכְּלֵי בֵּית הָאֱלֹהִים, אֶת־הַמִּנְחָה וְהַלְּבוֹנָה הושבו ספציפית ללשכתו של טוביה [רלב"ג].
השבת הכלים והמנחות למקומם המקורי חושפת רובד נוסף במאורעות. נחמיה ביקש להחזיר לאותה לשכה גם את המעשרות והתרומות שאוחסנו שם בעבר. עצם הניסיון להשיב את הסדר על כנו הוא שגילה לנחמיה את העובדה כי העם חדל מלהביא את התרומות והמעשרות למקדש [מלבי"ם].
מבחינת נוסח המקרא, ישנה מסורת כתיב מדויקת לגבי המילה וְהַלְּבוֹנָה. בניגוד לגרסאות שגויות, המילה נפתחת באות ו' החיבור. כמו כן, היא נכתבת בכתיב חסר (ללא ו' לאחר האות ב'), בשונה מהופעתה בכתיב מלא בספר דברי הימים [מנחת שי].