מנהיגות רוחנית ומעשית נבחנת לעיתים בהתמודדות ללא פשרות מול אנשי שררה ומעמד. נחמיה נוקט בצעד חריף נגד אדם רם מעלה ממשפחת הכהונה הגדולה, אשר קשר קשרי משפחה עם אחד מגדולי אויבי יהודה.
וּמִבְּנֵי יוֹיָדָע... חָתָן לְסַנְבַלַּט - אחד מבניו של יוידע הכהן הגדול התחתן והיה לחתנו של סנבלט. מנהיגי השומרונים נהגו להתחתן עם המשפחות המיוחסות והטובות ביהודה [ביאור שטיינזלץ]. הפרשנים מסכימים כי סנבלט היה צורר ואויב מוכר של היהודים, ולכן הקשר המשפחתי עמו היה חמור במיוחד.
וָאַבְרִיחֵהוּ מֵעָלָי - משמעותו שגירשתי וסילקתי אותו מעל פני ומן העיר. פעולת הגירוש נבעה מכך שאותו בן סירב לגרש את אשתו הנוכרית [מצודת דוד], ובכך חטא בהתחתנות עם גויי הארץ [רלב"ג].
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שגירוש זה נבע ממניעים ביטחוניים מובהקים. בעקבות קשרי החיתון, סנבלט היה רגיל לבקר בירושלים אצל חתנו. נחמיה חשש שביקורים תדירים אלו ישמשו לריגול, וכי סנבלט ינצל את שהותו כדי ללמוד את מבנה העיר, את דרכי הגישה אליה ואת נקודות התורפה שלה, במטרה להזיק ליושבי ירושלים. סילוק החתן נועד לעצור לחלוטין את הגעתו של סנבלט לעיר.
זווית נוספת לאופן הפעולה של נחמיה מציג [מלבי"ם], המסביר כי נחמיה נאלץ להסתפק בגירוש משום שלא היה יכול להכות את האיש או להכריחו בכוח, שכן מדובר היה באדם אלים וחזק.
לגירוש זה היו השלכות היסטוריות ודתיות משמעותיות. בעקבות המעשה, האיש איבד את ייחוסו, נפסל מכהונה במקדש, ובניו נחשבו לזרים [מלבי"ם]. ככל הנראה, מנכדים אלו של הכהן הגדול שגורשו מירושלים, יצאה בהמשך שושלת הכהנים של השומרונים [ביאור שטיינזלץ].