נחמיה מתעמת עם ההנהגה על הזנחת המקדש ופועל להשבת סדרי העבודה התקינים. המשבר נבע מהפסקת התמיכה הכלכלית במשרתי המקדש, שאילצה אותם לנטוש את תפקידם בלית ברירה.
הוא פותח בתוכחה, וָאָרִיבָה, מלשון ריב ועימות [מצודת ציון] עם הסגנים [שטיינזלץ]. טענתו המרכזית כלפיהם היא על כך שלא דאגו לספק ללויים את מנותיהם הראויות בבית ה' [רלב"ג], ועל כן הוא זועק: מַדּוּעַ נֶעֱזַב בֵּית־הָאֱלֹהִים. עזיבה זו מתייחסת לנטישת המקדש על ידי הלויים שהיו אמורים לשרת בו [מצודת דוד].
כדי לתקן את המצב, נחמיה נוקט בפעולה מעשית: וָאֶקְבְּצֵם. הוא אוסף בחזרה את הלויים, וכן את הכהנים [רש"י], וָאַעֲמִדֵם עַל־עָמְדָם, כלומר מחזיר אותם למקומם הקודם [שטיינזלץ, רלב"ג] ומשבץ כל אחד מחדש במשמרת העבודה שלו, כפי שהיה נהוג מאז ומתמיד [מצודת דוד, מלבי"ם].
הפרשנים מסכימים כי פעולת ההחזרה של הלויים למשמרותיהם לוותה בתיקון המצב הכלכלי של משרתי הציבור. ברגע שנחמיה השיב אותם לעבודתם, חזרו כל אנשי יהודה להביא את מתנותיהם ואת מעשרות הדגן, התירוש והיצהר אל אוצרות בית ה'. מהלך זה הבטיח שהלויים יוכלו להתפרנס כראוי ולא יצטרכו לעזוב שוב את עבודת הקודש.