תפילתו של נחמיה חושפת משבר רוחני עמוק בהנהגה הדתית, שבו משרתי המקדש איבדו את מעמדם המקודש. בקשתו מה׳ מתמקדת באותם כהנים ולויים שפגעו בקדושת תפקידם ובברית שנכרתה עמם.
המילה גׇּאֳלֵי מוסברת על ידי רוב הפרשנים כלשון של טינוף, זיהום ומאיסה. ביטוי זה מכוון כלפי הכהנים שחיללו את כהונתם בכך שהתערבו בגויי הארץ ונשאו נשים נוכריות, מעשה שפסל אותם מן הכהונה [רלב"ג, מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. שורשיה של תופעת ההתבוללות בכהונה מתוארים כעמוקים מאוד; מסורת קדומה מצביעה על מאות או אלפי עבדים של פשחור בן אמר הכהן שנטמעו בתוך הכהונה הגדולה. נחמיה פעל בתקיפות לפסול אותם, ומנע מהם לאכול מקודשי המקדש עד לימות המשיח, אז יקום כהן לאורים ותומים ויטהר אותם מכל נכר [רב סעדיה גאון].
מעשיהם של הכהנים לא הסתכמו בפסול אישי, אלא היוו פגיעה חמורה בוּבְרִית הַכְּהֻנָּה וְהַלְוִיִּם. ה׳ הבטיח לכהנים וללויים ברית עולם לשרת בבית המקדש, אך בקחתם נשים נוכריות הם למעשה מאסו בכהונה, חיללו את הברית וגרמו להפקעתה מהם [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ].
באשר לכוונת הבקשה זׇכְרָה לָהֶם, קיימת מחלוקת בין המפרשים. הגישה המרכזית מפרשת זאת כבקשה לעשיית דין: נחמיה מבקש מה׳ לזכור את מעשיהם כדי להעניש אותם על שחיללו את הכהונה [מצודת דוד], או כדי לתת להם את הגמול הראוי על כך שהופרשו ונפסלו מן הברית בגלל מעשיהם [אבן עזרא]. מנגד, קיימת גישה שונה לחלוטין המפרשת את הפנייה לא כקריאה לעונש, אלא כבקשה מה׳ לזכור להם דווקא את הטובה שעשו [רש"י].