ציווי הכנת שמן המשחה, שנועד לקדש את המשכן, כליו ומשרתיו, מופנה ישירות למשה רבנו. המילים וְאַתָּה קַח לְךָ מבטאות דרישה למעורבות אישית וישירה של משה, שייקח את הסממנים בעצמו ולא על ידי שליח [אור החיים, עמק דבר]. יש המסבירים כי מדובר בצורת התבטאות שגורה בשפה [אבן עזרא], אך פרשנים רבים רואים בכך משמעות עמוקה יותר: השמן שמשה רקח נשאר קיים באורח פלא לדורות עברו, ושימש בעתיד למשיחת מלכים וכהנים גדולים. מכיוון שמשה הוא המקור וההתחלה לכל שררה, נבואה ומלכות בישראל, ה' מצווה עליו להכין בעצמו את השמן שממנו יימשחו כל מנהיגי העתיד, כך שכולם יקבלו את כוחם מכוחו [אברבנאל, כלי יקר].
המרכיבים לשמן צריכים להיות בְּשָׂמִים רֹאשׁ – הבשמים המובחרים, החשובים והאיכותיים ביותר שקיימים בנמצא [רשב"ם, אבן עזרא, רלב"ג].
הראשון שבהם הוא מָר. זהותו של בושם זה עוררה מחלוקת מרתקת: גישה אחת מזהה אותו כמוסק, חומר ריחני המופק מדם או זיעה הנאגרים בצווארה של חיה דמוית צבי החיה בהודו [רמב"ם, רבנו בחיי]. מנגד, פרשנים אחרים דוחים בתוקף את האפשרות שיוכנס תוצר של חיה טמאה אל שמן הקודש, ומזהים את המור כשרף ריחני הנוטף מאילן [ראב"ד, רמב"ן, קאסוטו]. המילה דְּרוֹר מפורשת על ידי רוב הפרשנים כביטוי לניקיון וטוהר, כלומר בושם שהוא חופשי ונקי לחלוטין מזיוף ותערובת של חומרים זרים. פירוש נוסף קושר את המילה למצבו הטבעי של הבושם: מוסק המופק מחיה המתהלכת חופשי בטבע ומתענגת על ערוגות בשמים (שאז ריחה טוב יותר), או לחלופין, שרף הנוטף מן העץ מאליו באופן חופשי, ללא צורך בהתערבות וחיתוך של בני אדם [רמב"ן, ביאור יש"ר]. משקלו של המור נקבע לחמש מאות שקלים.
המרכיב השני הוא קִנְּמָן. יש המזהים אותו כסוג של תבן או עשב ריחני המשמש גם כמרעה [רמב"ן, מלבי"ם], אך אחרים מסבירים שמדובר בקליפת עץ, בדומה לקינמון המוכר לנו כיום [רש"י, רלב"ג]. מכיוון שישנם מיני קינמון שהם כעץ יבש וחסרי ריח, התורה מוסיפה את המילה בֶּשֶׂם כדי להדגיש שיש לבחור אך ורק מהסוג הריחני, בעל הטעם והמשובח.
המילה מַחֲצִיתוֹ מעוררת דיון לגבי משקלו האמיתי של הקינמון. על פי הפשט, משקל הקינמון היה מאתיים וחמישים שקלים, שהם בדיוק מחצית ממשקלו של המור [אבן עזרא, קאסוטו]. לעומת זאת, הגישה המרכזית המבוססת על מסורת חז"ל היא שמשקלו הכולל של הקינמון היה חמש מאות שקלים, בדיוק כמו המור. לפי גישה זו, משמעות המילה אינה שהמשקל הכולל הוא חצי, אלא גזירת הכתוב שיש להביא ולשקול את הקינמון בשתי פעמים נפרדות, חצאים של מאתיים וחמישים שקלים כל אחד. הסיבה לפיצול היא כדי להרוויח את "ההכרעה" – התוספת הקלה שנוצרת בכל פעם שכף המאזניים מכריעה כלפי מטה, כך שבפועל תתקבל כמות מעט גדולה יותר של הבושם [רש"י, מזרחי, רלב"ג].
המרכיב השלישי הוא קְנֵה בֹשֶׂם, המזוהה כמין קנה או דגן ריחני. בדומה לקינמון, צירוף המילה נועד למעט קנים פשוטים שאינם מפיצים ריח [רש"י, מזרחי]. הפרשנים מסכימים כי משקלו של הקנה היה מאתיים וחמישים שקלים בסך הכל, והציווי לשקול בחצאים לא חל עליו.
כלל הבשמים הללו נשחקו, הושרו במים זכים, ומעל המים הוצף שמן זית. התערובת בושלה עד שהמים התאדו והשמן קלט את כל ניחוחות הבשמים. תהליך זה לווה בנס גלוי, שכן כמות קטנה של שנים עשר לוג שמן זית הספיקה כדי לקלוט את כל הבשמים ולמשוח את כל כלי המשכן והכהנים, והשמן מעולם לא נחסר [אברבנאל, מלבי"ם].