בעומק המשכן ניצב מזבח הזהב, המוקדש מדי יום להעלאת קטורת סמים ריחנית. אולם, רגע אחד בשנה משנה את ייעודו, ומחבר בין השאיפה היומיומית לשלמות רוחנית לבין הצורך העמוק בטהרה אנושית. ביום זה הופך המזבח הפנימי למוקד של כפרה לאומית עמוקה.
הפעולה וְכִפֶּר אַהֲרֹן מתייחסת לכהן הגדול, אהרן או מי שעומד תחתיו מזרעו, המבצע את נתינת הדם על המזבח לשם טהרה והעברת החטא [אבן עזרא הקצר, ביאור שטיינזלץ, רש"י]. המועד אַחַת בַּשָּׁנָה קובע כי כפרה זו מתרחשת אך ורק בעשרה בתשרי, הלוא הוא יום הכיפורים [אבן עזרא, רשב"ם].
הכפרה נעשית מִדַּם חַטַּאת הַכִּפֻּרִים, שהוא דמם של פר ושעיר החטאת המוקרבים ביום זה [רש"י, ביאור יש"ר, מלבי"ם]. גישתם המרכזית של מרבית הפרשנים היא שבכל ימות השנה לא היו דמים על מזבח הזהב אלא קטורת בלבד, וזהו החריג היחיד [רשב"ם, קאסוטו]. מנגד, יש המדייקים כי לעיתים נדירות מובאים דמים אחרים אל המזבח הפנימי, כגון דם פר העלם דבר של ציבור, ולכן כוונת הפסוק היא שדווקא פעולת הכפרה הייחודית של יום הכיפורים מתרחשת רק פעם בשנה [חזקוני, אבן עזרא].
מבחינה הלכתית, דם זה נועד לכפר ספציפית על "טומאת מקדש וקודשיו" – מצבים שבהם אדם נכנס למקדש או אכל בשר קודש בשוגג בעודו טמא [רש"י, שפתי חכמים, תורה תמימה]. מבחינה רעיונית, נתינת הדם עַל קַרְנֹתָיו (זויות המזבח) באה לכפר על גאוות האדם ועל חטאים של הרמת קרן ויוהרה [כלי יקר]. המזבח הפנימי מסמל את הנפש הנצחית ואת אידיאל השלמות המוסרית, וביום זה האדם מכיר בפער שבין המציאות לאידיאל, מיטהר מן החטא, ונשמתו שבה לטהרתה המקורית כמלאכי השרת [רלב"ג, רש"ר הירש, כלי יקר].
התורה כופלת את המילים אַחַת בַּשָּׁנָה יְכַפֵּר עָלָיו כדי ללמד שכפרה פנימית זו מיוחדת ואינה יכולה להיעשות על ידי שום קורבן אחר או במועד אחר [מלבי"ם, תורה תמימה]. בנוסף, נלמד מכאן כלל הלכתי ולפיו הכפרה חייבת לבוא מדם של קורבן אחד שלם; אם נשפך הדם בטרם הסתיימה העבודה, יש להביא פר חדש ולהתחיל מחדש [תורה תמימה]. אזכור שמו של אהרן יחד עם ההבטחה לְדֹרֹתֵיכֶם מלמד שאהרן הוא השורש לכהונה כולה, ועבודתו ביום הכיפורים הראשון יצרה צינור נצחי של כפרה עבור כל הכהנים הגדולים שיבואו אחריו [מלבי"ם].
הפסוק נחתם בהכרזה כי המזבח קֹדֶשׁ קָדָשִׁים הוּא לַה'. הגדרה זו, המגיעה בשלב מאוחר בתיאור כלי המשכן, באה להדגיש שקדושתו של מזבח הקטורת אינה פחותה משל יתר הכלים, והוא שני בכבודו רק לארון הברית [אבן עזרא הקצר, קאסוטו]. בשל קדושה יתרה זו, המזבח מוקדש לעבודות אלו בלבד ואסור להשתמש בו לכל מטרה אחרת [רש"י, מזרחי]. הפרשנים מציינים כי מעמדו כ"קודש קודשים" מעניק לו כוח הלכתי ייחודי: בניגוד למזבח החיצון, המזבח הפנימי מקדש גם דברים פסולים שנוגעים בו, שכן הוא מייצג התמסרות רוחנית מוחלטת שמעלה הכול לרמת קדושה [העמק דבר, רש"ר הירש]. יתרה מכך, התוספת של המילה לַה' מצביעה על כך שמזבח הזהב, בהיותו כלי שרת פנימי, ניחן בקדושה נצחית שאינה פוקעת ואינה מתחללת לעולם, גם אם ייפרץ על ידי אנשים רשעים, בשונה מאבני המזבח החיצון [צפנת פענח, פרדס יוסף].