הציווי על בניית מזבח הקטורת מהווה את נקודת השיא של מלאכת המשכן, ומכניס את ממד הריח אל תוך המרחב המקודש. מזבח זה, שניצב בהיכל הפנימי, נושא עמו משמעות רוחנית עמוקה ושונה בתכלית מזו של המזבח החיצון שנועד לקרבנות.
תחילה, הפרשנים עומדים על השימוש במילה מזבח. כלי זה נקרא כך אף על פי שאין זובחים עליו בעלי חיים, משום שצורתו דומה למזבח, משום שהוא משמש לעבודת הקודש (קאסוטו), וכן משום שביום הכיפורים נותנים מדמי החטאות על קרנותיו (הכתב והקבלה). הביטוי מקטר קטרת דורש אף הוא הבהרה לשונית. המילה מזבח אינה מופיעה כאן בצורת סמיכות, והמילה מקטר מתפקדת כשם עצם. המשמעות היא: עליך לעשות מזבח, כדי להעלות עליו את עשן סממני הקטורת (אבן עזרא, רש"י, מזרחי, גור אריה, שפתי חכמים). תפקידו של מזבח זה בלעדי, והוא נועד לקטורת בלבד, ולא להעלאת עולות, מנחות או נסכים (רשב"ם).
אחת השאלות המרכזיות שמעסיקות את רוב הפרשנים היא מיקומו של הציווי. מדוע נכתבה פרשת מזבח הקטורת כאן, בסוף ציוויי המשכן, ולא יחד עם תיאור שאר הכלים הפנימיים (הארון, השולחן והמנורה) בפרשת תרומה?
גישה מרכזית בקרב הפרשנים מסבירה זאת מתוך הבנת מטרתם השונה של הכלים. בעוד ששאר כלי המשכן נועדו להוריד את השכינה ולהשרותה בתוך בני ישראל, מזבח הקטורת נועד לחלוק כבוד לה' לאחר שכבר השרה את שכינתו וקיבל ברצון את קרבנות העם. הדבר דומה להבאת מנחת ריח טוב למלך בתוך חדר כסאו, והוא מהווה את החותם השלם והאידיאלי של חיבור העולמות (רמב"ן, ספורנו, צרור המור, בכור שור, רש"ר הירש).
גישה נוספת מציעה חלוקה תפקודית: שאר הכלים מייצגים את הריהוט של מעון אלוהי, ולכן תוארו בפרק המבנה. לעומת זאת, מזבח הקטורת הוא כלי של פולחן ועבודה מצד בני האדם, ולכן מקומו הטבעי הוא כאן, כשהתורה עוברת לעסוק בסדרי העבודה של הכהנים (קאסוטו).
לצד זאת, ישנה גישה המצביעה על הבדל הלכתי מהותי. בניגוד למזבח החיצון שהוא תנאי מעכב בעבודה, מזבח הקטורת אינו מעכב בדיעבד. אם המזבח נעקר ממקומו, עדיין ניתן להקטיר קטורת באותו מקום. מיקומו הנפרד בכתוב מרמז על כך שהוא מהווה מצווה בפני עצמה ואינו מעכב את השראת השכינה (הכתב והקבלה, מלבי"ם, נחל קדומים, ברכת אשר, פרדס יוסף).
מעבר לתפקודו, מזבח הקטורת טוען בחובו סמליות עמוקה. בעוד שמזבח הנחושת החיצון נועד לכפר על הגוף הפיזי ועל הנפש הבהמית שבאדם באמצעות קורבנות בעלי חיים, מזבח הזהב הפנימי בא לכפר על הנשמה הרוחנית והטהורה. עשן הקטורת העולה מעלה מקביל לטבעה של הנשמה השואפת למקורה העליון (כלי יקר, מלבי"ם).
העבודה על מזבח זה התאפיינה באינטימיות מוחלטת. בשעת הקטרת הקטורת לא נכח איש בהיכל מלבד הכהן וה'. דבר זה מסמל את הרמה הגבוהה ביותר של עבודת ה' ושל עשיית חסד, עשייה טהורה ופנימית שנעשית הרחק מעיני הציבור, ללא רצון בהכרה (חומש קה"ת). יתרה מזאת, הקטורת מבטאת את כוחה של מידת גמילות החסדים, שהיא חסרת גבולות ומהווה תמיכה וחיזוק לתורה עצמה (העמק דבר).
לבסוף, למזבח זה ולקטורת שעליו ישנו כוח סגולי ייחודי. אש המערכה שעליו הסתפקה במועט ולא שרפה את ציפוי הזהב או את עצי השיטים, שכן ניזונה מאש עליונה (ספורנו, תורה תמימה). בסוד הקטורת טמון הכוח לעצור מגפות, להמתיק את מידת הדין, ולכפר על עם ישראל מתוך שמחה ורחמים (רמב"ן, רבינו בחיי, רא"ש).