מיקומו של מזבח הקטורת בתוך המשכן אינו רק הוראה אדריכלית טכנית, אלא הצבה מדויקת בעלת משמעות רעיונית עמוקה. המזבח מוצב בנקודה אסטרטגית המגשרת בין הקודש לבין קודש הקודשים, תוך הקפדה על יישור קו מוחלט עם לוחות הברית.
הכתוב פותח במילים לפני הפרכת, המורות על כך שהמזבח עומד בהיכל, מחוץ לפרוכת המבדילה בין הקודש לקודש הקודשים. מיקומו המדויק הוא בין השולחן למנורה, אך משוך מהם מעט יותר פנימה, אל עבר השליש הפנימי של ההיכל [ביאור יש"ר, ביאור שטיינזלץ, קאסוטו]. המילים אשר על ארון העדות מתארות את הפרוכת עצמה, שתפקידה לכסות, להגן ולהבדיל את הארון מן ההיכל [רשב"ם, רש"ר הירש].
הפרשנים מסכימים כי עולה קושי מתוך כפילות הלשון בפסוק, שכן מיד לאחר מכן הכתוב מוסיף לפני הכפרת. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שכפילות זו באה לדייק את מיקום המזבח. מכיוון שהפרוכת הייתה פרושה לאורך כל רוחב המשכן, מצפון לדרום, ניתן היה לטעות ולחשוב שמותר להציב את המזבח בכל נקודה לאורכה, קרוב יותר לקיר הצפוני או הדרומי. לכן, ההדגשה כי עליו לעמוד לפני הכפורת מלמדת שהמזבח חייב להיות ממוקם בדיוק באמצע רוחב המשכן, מכוון בקו ישר כנגד הארון והכפורת שמעליו, הנמצאים מעבר לפרוכת.
לאריכות הלשון ולמיקום המדויק ישנה גם משמעות סמלית ורוחנית [רקנאטי, רש"ר הירש]. הצבת מזבח הקטורת – המייצג את החיים הרוחניים, השאיפות והאידיאלים של העם – בקו ישר וישיר מול ארון העדות, נועדה להורות כי על האדם לשאוב את האידיאלים שלו אך ורק מתוך התורה. יישור הקו מונע יצירת אידיאלים דמיוניים המנותקים מרצון ה׳, ומבטיח שההתעלות הרוחנית תהיה מחוברת תמיד לאמת האלוהית המוגנת בקודש הקודשים.
לצד זאת, יש המצביעים על קשר תפקודי בין שני הכלים [קאסוטו]; האזכור המיוחד של הכפורת רומז לעבודת יום הכיפורים, שכן גם הכפורת וגם מזבח הקטורת משמשים כמוקדים המרכזיים שעליהם מכפר הכהן ביום זה.