מזבח הזהב הפנימי מייצג את פסגת העבודה הרוחנית במשכן, והוא נועד לתכלית אחת בלבד. הכתוב מציב גבולות ברורים ומחמירים באשר למה שמותר להקריב עליו, ומדגיש כי בעבודה פנימית זו נדרשת היצמדות מוחלטת לציווי האלוהי ללא כל תוספת או יוזמה אנושית.
המילה עָלָיו באה להדגיש את ההבדל בין מזבח הזהב הפנימי לבין מזבח הנחושת החיצוני. האיסור להקריב קורבנות שונים חל אך ורק על המזבח הזה, בעוד שעל המזבח החיצוני פעולות אלו מותרות ואף מהוות את עיקר עבודתו [מזרחי, שפתי חכמים, גור אריה].
האיסור המרכזי נוגע להעלאת קְטֹרֶת זָרָה. הפרשנים נחלקו בהבנת מהותה של זרות זו, ומתוך דבריהם עולים שלושה כיוונים מרכזיים. הגישה הראשונה מתמקדת בהרכב החומרים: קטורת זרה היא כזו שאינה עשויה בדיוק על פי המתכונת והמידות שהתורה ציוותה, או כזו שהוסיפו לה סממנים אחרים [אבן עזרא, רמב"ן, רלב"ג, קאסוטו]. הגישה השנייה מתמקדת במניע ההקרבה: קטורת זרה היא כל קטורת המובאת כנדבה. בניגוד לקורבנות אחרים שניתן להתנדב להביאם, הקטורת על מזבח זה חייבת להיות קורבן חובה של הציבור בלבד. כל יוזמה פרטית להביא קטורת, אפילו של כוהן, נחשבת לזרה ואסורה, כפי שקרה בחטאם של נדב ואביהוא [רש"י, חזקוני, תורה תמימה, מלבי"ם]. גישה שלישית מתייחסת למקור הקטורת, וקובעת כי אסור להקטיר סממנים שנעשו או נמסרו על ידי נוכרים, מחשש שלא הוכנו לשם המצווה כראוי [פרדס יוסף]. מבחינה רעיונית, איסור זה מלמד כי באידיאל הרוחני הגבוה ביותר אין מקום לשרירות לב או ליוזמות אישיות חלקיות, אלא נדרש ביטול מוחלט והתמזגות עם רצון ה' [רש"ר הירש].
בנוסף לקטורת, הכתוב אוסר להעלות על המזבח הפנימי כל קורבן אחר: וְעֹלָה שהיא קורבן מן החי כגון בהמה או עוף, ואפילו טיפת דם מועטת; וּמִנְחָה שהיא קורבן מן הצומח כגון לחם, ואפילו קומץ קטן ממנה; וְנֵסֶךְ שהוא יציקת נוזלים כגון יין או מים [רש"י, רבנו בחיי, שטיינזלץ]. מילת השלילה בתחילת הפסוק חלה על כל סוגי הקורבנות הללו [מזרחי, שפתי חכמים]. בעוד ששאר הקורבנות מייצגים שלבים חלקיים או שלבי הכנה בעבודת ה', מזבח הקטורת מייצג שלמות מוחלטת, ולכן אין לערב בו עבודות אחרות [רש"ר הירש].
ייחודו של מזבח זה בא לידי ביטוי בכך שהקטורת היא הקורבן החביב והמקובל ביותר לפני ה', המביא שמחה ומעיד על כפרה שלמה לישראל, עד כדי כך שהשכינה לא ירדה למשכן עד שהקטירו את הקטורת [רבנו בחיי]. יתרה מזאת, עבודת המזבח לוותה בנס תמידי: למרות שציפויו היה דק כעוביו של מטבע זהב, הוא עמד בפני חומה של אש הקטורת במשך דורות רבים מבלי שהזהב ניתך [בכור שור].