הציווי על הקטורת מבטא את שיאו של הפולחן הפנימי במשכן, ודורש הכנה מדוקדקת והתייחסות בחרדת קודש.
הציווי פותח בהוראת ההכנה, וְשָׁחַקְתָּ מִמֶּנָּה הָדֵק. משמעות המילה הָדֵק היא שחיקה דקה ככל האפשר [אבן עזרא, ביאור יש"ר, שטינזלץ], פעולה שנעשית שוב ושוב עד שהקטורת הופכת לדקה מן הדקה [נתינה לגר]. הפרשנים מדייקים מן המילה מִמֶּנָּה כי לא שוחקים את כל הכמות בבת אחת, אלא מכינים תערובת גדולה, ובכל יום לוקחים ממנה מעט ושוחקים לצורך אותו היום [העמק דבר]. מאחר שהסמים כבר נכתשו בעת עשיית התערובת הראשונית, פעולת השחיקה היומיומית נועדה לפורר ולמלל את חלקיקי האבקה שנדבקו והפכו לגושים עקב לחות האוויר. עם זאת, לקראת יום הכיפורים היו מחזירים את הקטורת למכתשת לכתישה גמורה ודקה במיוחד [הכתב והקבלה, חזקוני].
באשר להוראה וְנָתַתָּה מִמֶּנָּה לִפְנֵי הָעֵדֻת, מובהר כי אין הכוונה להנחה או לאחסון של הקטורת במקום, אלא לפעולה האקטיבית של הקטרתה והעלתה באש [מזרחי, שפתי חכמים, גור אריה, שטינזלץ]. קיימת מחלוקת לאיזו הקטרה הפסוק מכוון. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהפסוק עוסק בקטורת התמיד המוקטרת בכל בוקר וערב על מזבח הזהב הפנימי, שהיה ממוקם באוהל מועד מכוון ממש מול ארון העדות [רש"י, אבן עזרא, רלב"ג, טור הארוך]. לעומת זאת, יש הסבורים כי הפסוק מתייחס ספציפית לקטורת המיוחדת של יום הכיפורים, שאותה מכניס הכהן הגדול פנימה אל תוך קודש הקודשים, ממש לפני ארון הברית [קאסוטו]. דעה משלבת מציעה כי הכתוב כולל את כל מעשה הקטורת: גם זו של יום הכיפורים בקודש הקודשים, וגם זו היומיומית על המזבח הפנימי [רמב"ן, טור הארוך].
ההבטחה אֲשֶׁר אִוָּעֵד לְךָ שָׁמָּה מלמדת על ייעודו של אוהל מועד. ה' מודיע למשה כי מיום שהוקם המשכן, כל מועדי הדיבור והזמנים שבהם יקבע להיפגש ולדבר עמו, יתרחשו אך ורק במקום קדוש זה ולא בשום מקום אחר [רש"י, מזרחי, גור אריה, ביאור יש"ר].
לבסוף, ההכרזה קֹדֶשׁ קָדָשִׁים תִּהְיֶה לָכֶם מטילה חובה להקפיד שכל שלבי עשייתה של הקטורת ייעשו בטהרה ובקדושה, בתוך עזרת המשכן, משל ההקדש ובכלים מקודשים [תורה תמימה]. הקטורת מבטאת את האידיאל העליון של ריח ניחוח לה', ולכן חל איסור חמור לייצר קטורת בהרכב זהה לצורך הנאה אישית, שכן הדבר מהווה זלזול וחיקוי של סמל קדוש. מותר לאדם לייצר את התערובת רק אם כוונתו למסור אותה לצורכי הציבור ולעבודת הקודש [רש"ר הירש, תורה תמימה].