הכנת קטורת הסמים למשכן דורשת אומנות מדויקת, מיזוג מושלם וקדושה קפדנית. הקטורת נועדה להעלות עשן שמתמר ועולה ישר כלפי מעלה כמקל, מבלי להתפזר לצדדים [תורה תמימה, ביאור יש"ר]. מעניין לציין כי בעקבות מיתתם של נדב ואביהוא ועדת קורח, נוצר לקטורת בקרב העם שם של סם מוות, אך משה רבנו הוכיח להם שהקטורת אדרבה מכפרת ומחיה, ורק החטא הוא שממית [קיצור בעל הטורים].
הציווי ליצור קְטֹרֶת רֹקַח מַעֲשֵׂה רוֹקֵחַ מכוון למלאכת מחשבת של מומחה. תהליך זה דורש שכל אחד מסממני הקטורת ייכתש בנפרד בהתאם לטבעו ולקשיותו, ורק לאחר מכן יתערבב עם השאר, כדי שהסממנים יקלטו את הריח זה מזה ויהפכו לתרכובת אחת שלמה ומושלמת [ספורנו, העמק דבר, מלבי"ם].
המילה מְמֻלָּח עומדת במוקד מחלוקת פרשנית. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמשמעות אינה המלחה, אלא ערבוב יסודי ומוחלט. לפי גישה זו, השורש קשור ל"מַלָּחִים" (ספנים), המהפכים ומערבבים את מי הים במשוטיהם, או לספנים הבקיאים בטעם המים. בדומה לאדם הטורף ביצים, כך יש לערבב את סממני הקטורת עד לבלי הכר, באופן שלא ניתן יהיה להפריד ביניהם וכל סם ישנה את טעמו וריחו של חברו [רש"י, רשב"ם, רמב"ן, רבנו בחיי, שד"ל, גור אריה]. יש המעירים כי הבניין הדקדוקי של המילה מעיד על פעולת ערבוב מאומצת ולא על הוספת מלח [קאסוטו], וכי כמות המלח המקובלת קטנה מכדי להצדיק את התואר "ממולח" על כלל התערובת [רש"ר הירש].
לעומת זאת, גישה אחרת גורסת כי משמעות המילה היא כפשוטה, הוספת מלח טהור לקטורת, בדומה למלח הניתן בכל קרבן. לפי מסורת זו, היו מוסיפים לקטורת מעט "מלח סדומית" [רמב"ן, אבן עזרא, חזקוני, פרדס יוסף].
לגבי סוף הפסוק, טָהוֹר קֹֽדֶשׁ, הפרשנים מדגישים כי המילים הללו עומדות כל אחת בפני עצמה, וכביכול חסרה בהן המילה "יהיה": התערובת תהיה ממולחת, תהיה טהורה, ותהיה קודש. ההפרדה נובעת מכך שבעוד שאת הערבוב האדם "עושה" בידיו כפעולה אקטיבית, הרי שהטהרה והקדושה הן מצב של הימנעות מטומאה ומשימוש של חול [רש"י, מזרחי, שפתי חכמים, דברי דוד, גור אריה].
הדרישה שהקטורת תהיה טָהוֹר מתפרשת בכמה רבדים: ניקיון מוחלט מכל פסולת, שכן בניגוד לשמן המשחה, גוף הבשמים עצמו עולה באש [ספורנו, קאסוטו]; הימנעות מהוספת נוזלים העלולים להביא טומאה [העמק דבר]; וכן טהרה חזותית, יצירת תערובת זכה ודקה כל כך, עד שעין האדם תראה גוון אחד אחיד בלבד, ללא בליל של צבעים שונים [אור החיים].
לבסוף, על הקטורת להיות קֹֽדֶשׁ, כלומר, עליה להירכש אך ורק מכספי הקודש של תרומת הלשכה ולא מכספי חולין [רלב"ג, משכיל לדוד], ומלאכת הכנתה צריכה להיעשות כולה מתוך קדושה וטהרה [שד"ל].