תהליך חנוכת המזבח לעתיד לבוא דורש סדרת קורבנות ופעולות טהרה ייחודיות. הציווי תַּקְרִיב שְׂעִיר עִזִּים מהווה חידוש שייושם רק בחנוכת הבית העתידי על פי ציווי ה׳, שכן קורבן זה לא הוקרב במהלך חנוכת המשכן במדבר [רש"י].
פעולת הטהרה, המבוטאת במילה וְחִטְּאוּ, משמעה שהכהנים זורקי הדם יטהרו את המזבח באמצעות זריקת דם השעיר, בדיוק כפי שטהרו אותו ביום הראשון באמצעות זריקת דם הפר [מצודת דוד].
הקרבת השעיר ביום השני אינה עומדת בפני עצמה, אלא משתלבת במערכת שלמה של טהרה. לאחר סיום הכפרה בשעיר, מוקרבים באותו יום גם פר ואיל בתוספת מלח, וסדר זה חוזר על עצמו במשך שבעת ימי המילואים. מטרתם של ימים אלו היא להעביר את המזבח ממעמד של חול אל קדושה מוחלטת, וכן לחנך את הכהנים לעבודתם. הצורך בטהרה ממושכת זו נובע מכך שהארץ נטמאה בידי הגויים, וכן משום שבמהלך הגלות חלה ירידה רוחנית בקרב הכהנים [אברבנאל].