החלוקה הברורה של תפקידי המקדש מציבה גבול מובהק בין הלויים לבין הכהנים. בעוד שהלויים הופקדו על שירת הקודש ועל עבודות העזר השונות במשכן, עבודת הקודש הפנימית והמרכזית נשמרה באופן בלעדי לכהנים [רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. וְאַהֲרֹן וּבָנָיו מוזכרים כאן כמי שמייצגים את ראשות הכהונה, כאשר אהרן מסמל גם את הכהן הגדול העומד במקומו בכל דור ודור [רד"ק, מלבי"ם].
תפקידם של הכהנים הוא להיות מַקְטִירִים עַל־מִזְבַּח הָעוֹלָה וְעַל־מִזְבַּח הַקְּטֹרֶת. האזכור הספציפי של הקטורת אינו מקרי; הקטורת נחשבה לעבודה חביבה במיוחד שאף מביאה עושר לכהנים. מעבר לכך, יש בכך רמז היסטורי ואזהרה לדורות מפני ערעור על מוסד הכהונה. הכתוב מזכיר את הקטורת מיד לאחר תיאור תפקידי הלויים, כדי להזכיר את חטאו של קורח ועדתו שנענשו על ידי הקטורת, ובכך להזהיר את הלויים שלא ינסו לגזול את תפקיד הכהנים [חומת אנך].
הכהנים ממונים לְכֹל מְלֶאכֶת קֹדֶשׁ הַקֳּדָשִׁים. הפרשנים מציגים מספר זוויות להבנת מהות קודש הקודשים בהקשר זה: יש המסבירים כי הכוונה היא למקום הפיזי, שכן הלויים אסורים בכניסה אליו, והכהנים הם היחידים המורשים לבצע בו את העבודה [מצודת דוד]. אחרים מפרשים שהכוונה היא לקרבנות עצמם שרמת קדושתם חמורה ומוגדרת כ"קודשי קודשים", דוגמת עולות, מנחות, חטאות ואשמות [רלב"ג, ביאור שטיינזלץ]. גישה נוספת ממקדת את המילים הללו בעבודתו הייחודית של הכהן הגדול ביום הכיפורים [מלבי"ם].
תכליתה של עבודה זו היא וּלְכַפֵּר עַל־יִשְׂרָאֵל. כלל הקרבנות המוקרבים על ידי הכהנים, ובמיוחד קרבנות החטאת והאשם, נועדו להביא כפרה על חטאיהם של בני ישראל ולטהר אותם [רלב"ג, מלבי"ם].