תפילתה של חנה מציגה רגע אינטימי של השתפכות נפש, אשר בשל אופיו החריג הוביל לאי-הבנה מצד עלי הכהן. כאשר הכתוב מציין כי חנה מְדַבֶּרֶת עַל לִבָּהּ, הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שהיא התפללה בלחש, כאילו דיברה אל תוך לבה שלה, מתוך רצון לשמור על פרטיות תפילתה מבלי שאחרים ישמעו [מצודת ציון, מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. מעבר לשקט החיצוני, ביטוי זה מעיד על כך שחנה כיוונה את לבה בתפילה בעוצמה רבה [רד"ק], וכן שהתפללה ישירות אל ה' לבדו, ללא כל מתווך [מלבי"ם]. לעומת זאת, יש הדורשים את הביטוי באופן מילולי יותר, ולפיו חנה התפללה על האיברים שעל לבה; היא טענה לפני ה' כי כשם שכל איבר בגוף נברא למטרה מסוימת, כך השדיים שעל לבה נועדו להנקת תינוק, ועל כן ביקשה שיינתן לה ילד כדי לממש את ייעודם [צאינה וראינה].
הכתוב ממשיך ומתאר כי רַק שְׂפָתֶיהָ נָּעוֹת, כלומר זזות ונעות [מצודת ציון], אך קולה אינו נשמע. התנהגות זו הובילה לכך שוַיַּחְשְׁבֶהָ עֵלִי לְשִׁכֹּרָה. הפרשנים מציעים כמה סיבות לטעותו של עלי. מבחינה היסטורית, באותה תקופה לא היו רגילים להתפלל בלחש [רש"י], ועצם העובדה שהרבתה כל כך להתפלל באופן זה נראתה לעלי כתופעה בלתי סבירה [מלבי"ם]. בנוסף, תנועת שפתיים ללא השמעת קול או דיבור עצמי חסר פשר הם מאפיינים מובהקים של אדם שיכור, ולכן כאשר עלי ראה אותה מעווה את פיה בשקט, הסיק שהיא תחת השפעת יין [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ].
רובד עמוק יותר לטעותו של עלי נשען על קליטה חלקית של רוח הקודש. עלי הצליח להשיג בנבואה שחנה נודרת להקדיש את בנה לנזירות, הכוללת הימנעות מיין. מאחר שידוע כי יין עלול להוביל לחטא, ומי שרואה קלקול שכזה ראוי שידיר עצמו מיין, עלי קישר בין הדברים; הוא הניח שחנה עצמה שיכורה באותו רגע, ומתוך הבנת מצבה הפסול, היא מקבלת על עצמה להדיר את בנה העתידי מן היין [אהבת יהונתן].