מערכת הגשמים מוצגת כאן כפלא טבעי ורוחני גם יחד, שבו התקדרות השמים ועצירת המים משמשים כהכנה לירידת המטר.
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילה כַּפַּיִם מתארת את העננים. כינוי זה נובע מכך שבתחילת התהוותם הם נראים קטנים ככף יד של אדם, או משום שהם סוככים על ראשי בני האדם כמו כיפה [מצודת ציון, רש"י, מלבי"ם]. גישה נוספת מציעה כי הכוונה היא שהעננים נמצאים כביכול בתוך כפיו של ה' [ביאור שטיינזלץ].
כאשר ה' כִּסָּה אוֹר, העננים מתנשאים ויוצרים מחסום פיזי עבה המסתיר את אור השמש ומונע ממנו לזרוח על הארץ [אבן עזרא, תקות אנוש]. יש המבארים כי ההסתרה מתייחסת לכוח החום והאור הכלוא בתוך אדי המים, אשר עולה ומתכסה מעל העננים [מלבי"ם, רלב"ג]. מנגד, קיים פירוש מדרשי שלפיו האור והמטר מתכסים ונעצרים בשל עוון חמס שנעשה ב"כפיים", כלומר בידיהם של בני אדם [רש"י].
לגבי המשך הפסוק, וַיְצַו עָלֶיהָ בְמַפְגִּֽיעַ, הפרשנים נחלקים לשני כיווני חשיבה המציגים את מנגנון ירידת הגשם: הכיוון הטבעי והכיוון הרוחני.
על פי הגישה הטבעית, המילה בְמַפְגִּֽיעַ משמעותה התנגשות ופגישה פיזית. ה' מצווה על העננים המלאים במים לרוץ, להתקבץ ולהתנגש בחוזקה זה בזה, או שמצווה על הרוח להכות בענן. התרוצצות זו יוצרת את הסערה, הרעמים והגשם [רמב"ן, רלב"ג, מלבי"ם, תקות אנוש, ביאור שטיינזלץ]. פירוש קרוב גורס כי הציווי מופנה כלפי השמש, שהעננים פוגעים בה ומעלימים אותה במרוצתם [אבן עזרא, תקות אנוש].
לעומת זאת, הגישה הרוחנית מפרשת את המילה בְמַפְגִּֽיעַ מלשון תפילה ובקשת רחמים. לפי קו מחשבה זה, ה' אוסף את העננים ומונע מהם להוריד גשם כדי לעורר את העם לחזור בתשובה. המים יישארו כלואים בעבים עד שיקום מנהיג צדיק, חכם ואוהב ישראל, שיתפלל ויפגיע בעד דורו. רק בזכות תפילתו של אותו אדם, ה' יצווה על העננים להריק את גשמיהם על הארץ [רש"י, מצודת דוד, מצודת ציון, אלשיך].