מעמד טהרתו של המצורע מגיע לשיאו כאשר הוא ניצב על סף המקדש, מוכן להשלים את כפרתו ולשוב אל חיק הקהילה והקדושה. הכתוב משרטט בקפידה את מיקומם של המטהר, המיטהר והקרבנות ברגע המעבר הרגיש הזה.
התורה מדגישה כי הפעולה נעשית על ידי הַכֹּהֵן הַמְטַהֵר. הכפילות נועדה ללמד שדווקא כוהן רשאי לבצע פעולה זו, וזאת כדי לשלול אפשרות שישראל יעשה זאת (אף על פי שישראל מעורבים בשלבים אחרים של הטהרה), וכן להבהיר שהמצווה מוטלת ספציפית על הכוהן הממונה על תהליך הטהרה [אור החיים].
הכוהן מעמיד אֵת הָאִשׁ הַמִּטַּהֵר וְאֹתָם. המילה וְאֹתָם מתייחסת לכבשים המובאים לקרבן [רשב"ם, חזקוני, שטיינזלץ], וללוג השמן [מלבי"ם]. רוב הפרשנים מסכימים כי העמדת האיש, איל האשם והשמן נועדה לצורך הנפתם יחד, והדגשת הָאִישׁ באה למעט את קרבנות החטאת והעולה שאינם טעונים תנופה, כלומר הנפה [מלבי"ם, אדרת אליהו, הופמן]. השימוש במילה הָאִישׁ מלמד גם כי אפילו אדם בוגר, שאמור להכיר את הלכות המקדש, זקוק להשגחה צמודה של הכוהן [אור החיים]. עם זאת, התוספת של המילה הַמִּטַּהֵר באה להרחיב ולהבהיר שדין זה אינו מוגבל לגברים בלבד, אלא חל גם על נשים וקטנים [מלבי"ם, אדרת אליהו].
המיקום המדויק של המעמד הוא לִפְנֵי ה' פֶּתַח אֹהֶל מוֹעֵד. הפרשנים מסכימים כי מדובר בשער ניקנור, הממוקם במזרח העזרה (חצר המקדש). המיטהר עומד כאשר גבו למזרח ופניו למערב, כך שהוא רואה מולו את פתח ההיכל, מצב הנחשב לעמידה מול פני השם [מזרחי, שפתי חכמים, תורה תמימה, אדרת אליהו].
מיקום זה מעורר קושי הלכתי: מאחר שהאדם טרם הביא את כפרתו והוא נחשב "מחוסר כיפורים", חל עליו איסור חמור להיכנס לתוך העזרה המקודשת, והעושה זאת חייב עונש כרת [רש"י, הירש, הופמן]. כדי לפתור זאת, מסבירים הפרשנים כי חלל שער ניקנור לא קודש בקדושת העזרה במתכוון, בדיוק כדי לאפשר למצורעים לעמוד שם מבלי לעבור על האיסור [מזרחי, שפתי חכמים, גור אריה, דברי דוד].
אולם, במהלך הטקס נדרש המיטהר להכניס את ראשו, ידיו ורגליו אל תוך העזרה כדי שהכוהן ייתן עליהם מדם הקרבן ומן השמן. הכנסת איברים זו נחשבת בדרך כלל ככניסה אסורה למקדש. הפרשנים מבארים כי התורה התירה זאת בגזרת הכתוב מיוחדת, משום שלא ניתן להוציא את הדם והשמן אל מחוץ לעזרה מבלי שיפסלו [מזרחי, גור אריה, דברי דוד]. יש שרואים בהיתר זה דחייה של איסור הטומאה מפני מצוות טהרתו של המצורע, בעוד אחרים מסבירים שמאחר שזוהי עצם מצוותו ודרך טהרתו, הפעולה כלל אינה נחשבת לעבירה של טומאת מקדש [גור אריה].
בדיוק בשל מורכבות זו, שבה האדם עומד על הסף ומכניס רק את איבריו פנימה, התורה מצווה על הכוהן "להעמיד" אותו, כלומר להשגיח עליו בקפידה שלא יימשך בטעות וייכנס כולו לתוך העזרה האסורה לו [אור החיים]. מציאות זו משקפת את העובדה שבקדושה ישנן מדרגות שונות, והמצורע מתקדם בהן שלב אחר שלב [תורה תמימה, מלבי"ם].