השלב החותם את תהליך הטהרה כולל את נתינת שארית השמן שעל כף הכהן על ראשו של המטהר, פעולה שנועדה להשיג כפרה לפני ה'.
פעולה זו אינה המלצה אלא תנאי מעכב. המילים יִתֵּן... לְכַפֵּר מלמדות כי הכפרה תלויה לחלוטין בשלב זה. אם הכהן נתן את השמן על הראש הושגה כפרה, אך אם לא עשה זאת לא התכפר לאדם [תורה תמימה].
דיוק לשוני שופך אור על האופן המעשי שבו נעשתה הפעולה. הפסוק נוקט בלשון וְהַנּוֹתָר מִן הַשֶּׁמֶן, בשונה מן הציווי המקביל העוסק בקרבנו של העשיר, שם נאמר "והנותר בשמן". ההבדל נובע מכמות השמן שנותרה בידו של הכהן. בקרבן העשיר, הכהן משתמש באותה מידת שמן למספר הזאות שונות, כך שלא נותר בידו שמן ממשי אלא רק לחלוחית ושיירי שמן שהוא מקנח על ראש המטהר. לעומת זאת, כאן הכהן משתמש במידת שמן נפרדת, ולכן נשאר בידו שמן ממשי הניתן ליציקה, ועל כן נאמר "מן השמן" [העמק דבר].