טיהור הבית המנוגע דורש פעולה כירורגית ומדויקת של עקירת הנגע וסילוקו המוחלט. לאחר חליצת האבנים הפגועות, יש לטפל בסביבתן הקרובה כדי להבטיח שהטומאה לא תתפשט הלאה.
הפעולה הנדרשת היא יַקְצִעַ, כלומר קילוף, גירוד והסרת ציפוי הטיח [רשב"ם, חזקוני, שטיינזלץ]. יש המדייקים כי השורש ק.צ.ע מצביע על חיתוך וגירוד שווים, עד ליצירת זווית ישרה וחלקה [ביאור יש"ר, הופמן]. המילה מִבַּיִת באה להדגיש שהקילוף נעשה אך ורק מבפנים, ולא מצידו החיצוני של המבנה [מזרחי, שפתי חכמים, גור אריה, תורה תמימה].
באשר להיקף הקילוף, המילה סָבִיב מעוררת מחלוקת. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהקילוף מצומצם אך ורק לסביבת הנגע והאבנים שחולצו. לטענתם, אם הכוונה הייתה לקלוף את כל פנים הבית, המילה סָבִיב הייתה מיותרת [רש"י, מזרחי, מלבי"ם, גור אריה, הופמן]. מעבר לכך, מילה זו ממעטת את קרקעית הבית, כך שהגירוד נעשה רק בקירות [תורה תמימה, אדרת אליהו]. מנגד, יש הסבורים כי מכיוון שהנגע כבר פשה, יש לקלוף את פנים הבית כולו [אבן עזרא]. גישה ייחודית נוספת מציעה שהמילה "בית" מתייחסת כאן לחלל שנוצר בקיר בעקבות חליצת האבן, ואת החלל הזה עצמו יש לגרד מסביב [הכתב והקבלה].
לאחר הקילוף, יש לפנות את הפסולת. השימוש בפועל וְשָׁפְכוּ, השמור לרוב לנוזלים, מוסבר בכך שהעפר נאסף לתוך שק או כלי ומורק מתוכו, פעולה המוגדרת כשפיכה ופינוי, בניגוד לאבנים שעליהן נאמר "והשליכו" [ביאור יש"ר, פרדס יוסף]. המונח הֶעָפָר מדייק שמדובר אך ורק בחומר שחוק ומפורר כדוגמת טיח, ולא בצרורות, אבנים או רגבי אדמה שלמים [מלבי"ם, אילת השחר, תורה תמימה].
המילה הִקְצוּ מגיעה מהשורש ק.צ.ה (קצוות), או שהיא צורה מקוצרת של השורש ק.צ.ע שהאות עי"ן הושמטה ממנה, ושני השורשים מבטאים פעולת חיתוך, הפרדה וגירוד [רשב"ם, שד"ל, רש"ר הירש, פרדס יוסף]. משמעות הצירוף אֲשֶׁר הִקְצוּ היא שהעפר שיש לפנות אל מחוץ לעיר הוא אך ורק זה שגורד וקולף במכוון באמצעות כלי בקצות הנגע, ולא עפר או טיח שנשרו מהקיר מאליהם [רש"י, מלבי"ם, תורה תמימה, אדרת אליהו].