כאשר נגע הצרעת פושה בקירות הבית, התורה מורה על צעד דרסטי של פירוק פיזי של המבנה. תהליך הטהרה עובר משלב האבחון לשלב הפעולה, בו יש לעקור את החלקים הנגועים ולהרחיקם מהחברה.
על אף שהכהן הוא הסמכות המצווה, הפעולה הפיזית של חליצת האבנים יכולה להיעשות על ידי כל אדם [תורה תמימה, מלבי"ם, אדרת אליהו]. המילה וְחִלְּצוּ משמעותה הסרה ושליפה, בדומה לחליצת נעל [רש"י, ביאור יש"ר, אבן עזרא]. עם זאת, השימוש בבניין פיעל מעיד כי בניגוד לחליצת נעל, עקירת אבנים מתוך קיר דורשת מאמץ ושימוש בכלים [ביאור יש"ר, פירושי רד"צ הופמן], ומתאפשרת משום שהבנייה לא הייתה הדוקה לחלוטין [ביאור שטיינזלץ].
הפרשנים עומדים על כך שהפועל נכתב בלשון רבים. מכך נלמד כי כאשר הקיר הנגוע משותף לשני בתים, חובת חליצת האבנים חלה על שני השכנים גם יחד, ועל כך אמרו חכמים: "אוי לרשע ואוי לשכנו". לעומת זאת, אם הקיר פונה לאוויר הפתוח ואינו משותף, החובה מוטלת על בעל הבית לבדו [תורה תמימה, מלבי"ם, חזקוני, רש"ר הירש, ברכת אשר].
ההוראה לעקור אֶת הָאֲבָנִים אֲשֶׁר בָּהֵן הַנָּגַע מדגישה כי הדין חל על אבנים בלבד, ולא על חומרי בניין אחרים כגון לבנים [תורה תמימה, מלבי"ם]. כמו כן, מדובר בשתי אבנים לפחות [רלב"ג, אדרת אליהו]. בשלב זה של ההסגר מוציאים רק את החלקים הנגועים עצמם ולא את כלל הבית, בדומה לדין בגד מנוגע שבו מסירים תחילה רק את מקום הנגע [רלב"ג, מלבי"ם].
המילה היתרה אֶתְהֶן באה ללמד על הבדל מהותי בין אבנים מנוגעות לאדם מצורע. בעוד שאדם מצורע משתלח רק אל מחוץ לעיירות המוקפות חומה, את האבנים הנגועות יש להשליך אֶל מִחוּץ לָעִיר מכל סוג שהוא, אפילו מעיירות פרזות שאינן מוקפות חומה [תורה תמימה, הכתב והקבלה, מלבי"ם, רש"ר הירש, פירושי רד"צ הופמן].
האבנים מושלכות אֶל מָקוֹם טָמֵא, כלומר למקום מאוס המיועד להשלכת טומאה או קברים, שאליו לא מגיעים אנשים העוסקים בטהרות [רש"י, בכור שור, ביאור שטיינזלץ]. השלכתן למקום כזה מוודאת שהאבנים יהיו ניכרות בטומאתן ואיש לא ייקח אותן לשימוש חוזר [אבן עזרא].
מאחר שעל פי ההלכה קרקע טבעית אינה מקבלת טומאה, המקום עצמו אינו נטמא בעצם מהותו. במקום זאת, האבנים עצמן מפיצות את טומאתן לסביבתן כל עוד הן מונחות שם, והן מטמאות את האוויר שמעליהן וכל אדם או חפץ שנוגע, נושא או מאהיל עליהן [לבוש האורה, גור אריה, רש"ר הירש, פירושי רד"צ הופמן, ברכת אשר]. עם זאת, יש מן הפרשנים המציינים כי המקום היה מסומן, וכי גם לאחר סילוק האבנים, שכבת העפר שעליה עמדו סופגת טומאה ונחשבת טמאה [צפנת פענח, מלבי"ם].