לאחר שהכהן בוחן נגע החשוד כצרעת בתוך הבית, התורה מנחה אותו כיצד לבצע את תהליך ההסגר. הצעד הראשון הוא יציאה מוחלטת מן המבנה טרם ההכרזה על טומאתו. הסיבה לדרישה זו היא הגנה על הכהן: ברגע שהבית מוכרז כמוסגר, הוא הופך לאב הטומאה. אילו הכהן היה נשאר בפנים, הוא היה נטמא מיד בעצמו, וכל בשר קדשים שהיה נוגע בו היה נפסל ונשרף [תורה תמימה, פרדס יוסף]. כמו כן, הנגע עצמו חייב להיות בתוך הבית כדי שהכהן יוכל לצאת ממנו [רלב"ג].
התורה מדייקת במיקומו של הכהן באמצעות המילים וְיָצָא הַכֹּהֵן מִן הַבַּיִת אֶל פֶּתַח הַבָּיִת. המילים מִן הַבַּיִת מלמדות שעליו לצאת החוצה לגמרי ולא לעמוד תחת משקוף הדלת, ואילו המילים אֶל פֶּתַח הַבָּיִת מורות שלא ילך לביתו שלו, אלא יעמוד בצד המשקוף מבחוץ [מלבי"ם, אילת השחר, ביאור יש"ר, אדרת אליהו, רד"צ הופמן]. עם זאת, הכפילות בלשון וְהִסְגִּיר אֶת הַבַּיִת (במקום לכתוב בקיצור "והסגירו") באה ללמד שדין זה הוא לכתחילה בלבד; בדיעבד, גם אם הכהן הלך לביתו או עמד תחת המשקוף והסגיר, הסגרו תקף ומקובל [מלבי"ם, אדרת אליהו, תורה תמימה, פרדס יוסף]. יתרה מזאת, הכהן אינו חייב לראות את הנגע בפועל מאותו מקום שבו הוא עומד ברגע ההכרזה על ההסגר [רלב"ג].
מתוך מציאות זו, שבה הכהן מכריז על טומאת הבית כשהוא עומד בחוץ ואינו רואה עוד את הנגע, למדו חכמים את הכלל ההלכתי היסודי של "חזקה". הכהן מסתמך על כך שהנגע נותר כפי שהיה ולא התמעט בזמן הקצר שלקח לו לצאת, ומכאן ההוכחה שניתן להניח שדבר נשאר במצבו הקודם והידוע עד שיוכח אחרת [תורה תמימה, תיבת גמא, רש"ר הירש, פרדס יוסף].
מטרת הפעולה, וְהִסְגִּיר אֶת הַבַּיִת שִׁבְעַת יָמִים, היא להמתין ולבחון האם הנגע יפשה ויגדל במהלך תקופה זו [רלב"ג, בכור שור]. באשר למהות הפעולה וְהִסְגִּיר, קיימת מחלוקת בין הפרשנים. יש הסוברים כי מדובר בסגירה ונעילה פיזית של הדלת, פעולה שהכהן מבצע בעצמו, ייתכן שבאמצעות חבל ארוך כדי שלא ייאלץ להיכנס שוב פנימה [תורה תמימה, רד"צ הופמן בשם רש"י והר"ש]. לעומת זאת, גישה אחרת גורסת שאין צורך בסגירה פיזית, אלא בהכרזה מילולית בלבד שבה הכהן מורה שהבית סגור ומבודד, בדומה להסגר של אדם או בגד [ביאור יש"ר, רד"צ הופמן בשם הרמב"ם, רש"ר הירש]. ייתכן אף שהשורש ס.ג.ר משמש כאן כמונח ייחודי המציין החלטה על טומאת צרעת לזמן קצוב [רד"צ הופמן].