תהליך טהרתו של המצורע מגיע לשיאו כאשר השמן, שניתן תחילה על איברים ספציפיים, מיושם כעת על ראשו, פעולה החותמת את שלב הכפרה. הכתוב מציין כי הכהן ייקח את וְהַנּוֹתָר בַּשֶּׁמֶן, כאשר אות היחס ב' מתפרשת במשמעות של מ"ם, כלומר הכוונה היא "מן השמן" [חזקוני, ביאור יש"ר, רד"צ הופמן]. את שארית השמן הזו הכהן יִתֵּן, כלומר ימרח [ביאור שטיינזלץ], על ראשו של המיטהר.
לפעולה זו משמעות סמלית עמוקה. לאחר שהמיטהר קידש את מחשבותיו (תנוך האוזן), את מעשיו (בוהן היד) ואת שאיפותיו והתקדמותו (בוהן הרגל), משיחת הרֹאשׁ כולו מבטאת את ההקדשה המוחלטת של האדם, משורש הווייתו ומחשבתו, לחיים של טהרה מוסרית ורוחנית תחת חוקי התורה [רש"ר הירש].
באשר למעמדה ההלכתי של פעולה זו, קיימת מחלוקת האם היא מעכבת את הכפרה כולה. גישה אחת גורסת כי נתינת השמן על הראש הכרחית, שכן הכתוב סומך את המילים יִתֵּן לוְכִפֶּר, ללמד שהכפרה תלויה בנתינה זו [מלבי"ם, רד"צ הופמן, בשם ר' עקיבא]. לעומת זאת, הגישה הנגדית קובעת כי מדובר ב"שירי מצווה" בלבד; אם השמן נשפך ולא ניתן על הראש הכפרה אינה מתעכבת, והמילה וְכִפֶּר מתייחסת למעשה קורבן האשם עצמו [רמב"ן, תורה תמימה, רד"צ הופמן, בשם ר' יוחנן בן נורי].
גישה זו נתמכת בניתוח לשוני של המילה וְהַנּוֹתָר: האות ה"א אינה ה"א הידיעה, אלא ה"א התנאי ("אם ייוותר"). מכיוון שהשמן המדובר כאן הוא בבחינת "שיריים של שיריים" (לאחר שכבר נלקח ממנו לאיברים), לא היה מובטח שיישאר ממנו כלל [תורה תמימה, מלבי"ם, אילת השחר]. עם זאת, מוסכם כי אם השמן נותר קיים והכהן נמנע במכוון מלתת אותו על הראש, הכפרה לא חלה [תורה תמימה]. יש אף המציינים כי רק קורבן החטאת הוא זה שמעכב את הכפרה לחלוטין [אדרת אליהו].
הפסוק מסתיים בהכרזה וְכִפֶּר עָלָיו הַכֹּהֵן לִפְנֵי ה'. הפרשנים מתעכבים על כך שמושג הכפרה חוזר ונשנה בפרשה זו ביחס לקורבנות שונים (אשם, חטאת ועולה), ומסבירים את חלוקת התפקידים ביניהם. קורבן האשם, שעליו מבוססת משיחת השמן, נועד לכפר ספציפית על החטאים החברתיים (כגון לשון הרע) שגרמו לנגע הצרעת מלכתחילה, ועם הבאתו תם עברו החוטא של האדם [רמב"ן, טור הארוך, רד"צ הופמן, רש"ר הירש]. לעומתו, קורבן החטאת נועד לטהר את האדם מטומאתו או לכפר על חטאים שאירעו בימי בידודו וצערו, ואילו העולה והמנחה משמשים ככופר נפש המאפשר לו לשוב אל אוהלו [רמב"ן, טור הארוך, רד"צ הופמן]. לחלופין, יש המפרשים כי אזכור הכפרה כאן מהווה סיכום כולל לכל תהליך ההיטהרות, לרבות שילוח הציפורים [רמב"ן, טור הארוך].