לאחר שהתורה הזהירה כי הארץ תקיא את האומה כולה אם תישחת מבחינה מוסרית, מוקד הדברים עובר כעת אל עונשו של היחיד. גם אם החברה בכללותה לא תחטא ולא תגלה מן הארץ, האדם הפרטי שיעבור על איסורי העריות ייענש בחומרה [ספורנו, ביאור יש"ר, רד"צ הופמן]. אזהרה זו חלה במיוחד במקרים שבהם בית הדין האנושי אינו יכול להעניש, כגון כאשר החטא נעשה בסתר או ללא עדים, ואז עובר הדין לידי שמים [אבן עזרא, רד"צ הופמן]. אף על פי שהאזהרה מופנית לישראל, הרי שאם עמי כנען נענשו על מעשים אלו, על אחת כמה וכמה שעל עם ישראל להישמר מכך [בכור שור].
עונש הכרת המופיע בתורה נחלק לשלושה סוגים שונים, והביטוי וְנִכְרְתוּ הַנְּפָשׁוֹת מכוון לסוג מסוים ומדויק – "כרת של הנפש". בניגוד ל"כרת של הגוף", שבו אדם צדיק שנכשל בחטא מת צעיר אך נשמתו זוכה לחיי העולם הבא, ובניגוד לכרת הכפול של גוף ונפש השמור לעוונות חמורים כעבודה זרה, חטאי העריות גוררים עונש רוחני עמוק. אדם שחוטא בעריות ועוונותיו מרובים מזכויותיו, עשוי לחיות חיים ארוכים ושלווים בעולם הזה ולהגיע לשיבה טובה, אך לאחר מותו, נשמתו תיכרת ותאבד את חלקה בעולם הנשמות ובתחיית המתים [רמב"ן, הטור הארוך, רבנו בחיי, תולדות יצחק, צאינה וראינה, פרדס יוסף].
עם זאת, משמעותה של היכרתות הנפש אינה אובדן והשמדה מוחלטת של הקיום. הנפש היא ניצוץ אלוהי נצחי שאינו יכול להתבטל לגמרי. משמעות הכרת היא שהנפש נגדעת ממקורה ומשורשה הרוחני, כפי שענף נכרת מהאילן שממנו הוא שואב את חייו, והיא נידונה לריחוק ולייסורים במקום לשוב אל מקומה הטבעי תחת כיסא הכבוד [רמב"ן, רבנו בחיי, שפתי כהן].
מתוך תיאור העונש החמור, מסתתרת הבטחה גדולה על נצחיות הנשמה. כאשר התורה קובעת שהנפש החוטאת תיכרת מִקֶּרֶב עַמָּם, היא מלמדת בעקיפין ש"עמה" – כלומר שאר הנפשות שלא חטאו – ממשיכות להתקיים בשלום בעולם הבא. התורה אינה צריכה להבטיח במפורש שכר של חיי נצח, משום שקיום הנשמה לעד הוא מצבה הטבעי; היא רק מזהירה את החוטא מפני אובדן הקיום הראוי והטבעי הזה [רמב"ן, הטור הארוך, רבנו בחיי].
הביטוי כָּל אֲשֶׁר יַעֲשֶׂה מלמד שהעונש חל בין אם אדם עבר על כל איסורי העריות ובין אם עבר על אחד מהם בלבד [אדרת אליהו, שפתי כהן]. השימוש במילה הַתּוֹעֵבֹת מרמז על אדם ש"תועה" מן הדרך, ועוזב את אשתו המותרת לו לטובת יחסים אסורים [הדר זקנים]. ריכוז כל איסורי העריות תחת הגדרה אחת בפסוק זה, יוצר השוואה משפטית (היקש) ביניהם. כך למשל, נלמד שכשם שקידושין אינם תופסים באחות אישה, כך הם אינם תופסים באף אחת מהעריות, וכשם שאיסור נידה חל כבר מתחילת המגע המיני (העראה), כך הדין בכל העריות כולן [תורה תמימה, רש"ר הירש].
התורה בוחרת להשתמש בלשון נקבה ורבים במילה הַנְּפָשׁוֹת, כדי להדגיש שהעונש חל באופן שווה על הזכר ועל הנקבה. למרות שבדרך כלל התורה משווה בין גברים לנשים בעונשים, כאן היה מקום לטעות ולחשוב שהאישה, בהיותה לעיתים פסיבית במעשה ("קרקע עולם"), לא תישא באחריות זהה, ולכן בא הכתוב והדגיש את עונשה [רש"י, מזרחי, חזקוני, גור אריה, ועוד].
המילה הָעֹשֹׂת מדייקת שהעונש החמור של הכרת חל אך ורק על "עשייה" – כלומר על עצם מעשה הביאה האסור, ולא על עצם הקרבה הפיזית (כגון חיבוק ונישוק), שאמנם אסורה, אך אינה גוררת עונש כרת [תורה תמימה, אדרת אליהו]. יתרה מכך, המילה נכתבה בכתיב חסר (ללא האות וי"ו), כדי לרמז שעונש הכרת, בהיותו מסור לשמים, חל על החוטא גם אם לא קיבל התראה מוקדמת לפני שעבר את העבירה [קיצור בעל הטורים].