לאחר שהתורה מצווה על שורת הלכות שבין אדם לחברו ששיאן באהבת הרע, היא עוברת לעסוק בסדרי הטבע ובגבולות שהציב ה' בבריאה. הפסוק דורש מהאדם להכפיף את רצונו להנהגת הבורא, ולהימנע מערבוב מלאכותי של מינים שונים בחי, בצומח ובלבוש.
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילה חֻקֹּתַי אינה מתארת בהכרח גזירות חסרות היגיון כפי שסוברים חלק מהמפרשים [רש"י, מזרחי], אלא מתייחסת ל"חוקי הטבע" שה' חקק וקבע בששת ימי בראשית, כאשר ציווה על כל נברא להתרבות "לְמִינֵהוּ". האדם המערבב מינים שונים פועל בניגוד לסדר הבריאה, וכביכול מצהיר שמעשה ה' אינו שלם ושיש צורך "לעזור" לו ליצור בריות חדשות [רמב"ן, ספורנו, הטור הארוך, מלבי"ם, רש"ר הירש, בכור שור].
ברובד המדרשי והקבלי, לכל עשב ובעל חיים למטה יש כוח רוחני או "מזל" הממונה עליו למעלה. הרכבת מינים שונים למטה גורמת לבלבול, מאבק וביטול של הכוחות העליונים הללו, ופוגעת בשלום ההרמוני של הבריאה. לכן המילה כִּלְאַיִם מוסברת מלשון "כלא" ומניעה, שכן פעולה זו עוצרת ומבטלת את תפקידם של הכוחות העליונים [רבנו בחיי, תולדות יצחק, הכתב והקבלה, העמק דבר].
סמיכות הפסוק למצוות אהבת ישראל באה ללמד שכשם שאסור לעשות חמס לאדם, כך אסור לעשות חמס לטבע ולשנות את מעשה ה' [אבן עזרא]. בנוסף, מכיוון שה' חפץ בחיבור ואהבה בין בני אדם, היה ניתן לטעות ולחשוב שהוא מעוניין גם בחיבור וערבוב של כלל המינים בטבע; לכן באה התורה והדגישה את איסור הכלאיים [אור החיים].
לגבי האיסור בְּהֶמְתְּךָ לֹא תַרְבִּיעַ כִּלְאַיִם, המילה בְּהֶמְתְּךָ אינה באה להתיר הרבעת בהמות של אדם אחר, אלא האיסור חל על כל בעל חיים [תורה תמימה, מלבי"ם]. יש שדורשים מילה זו כדי ללמד שאפילו בבהמות הטהורות המותרות לך, אסור לזווג שני מינים טהורים שונים [אור החיים]. פעולת ההרבעה נחשבת למעשה מאוס המכחיש את הבריאה, מה גם שהוולדות הנולדים מעירוב כזה (כמו הפרד) הם עקרים, ובכך נכרת כוח הפריה והרבייה שהעניק ה' לעולמו [רמב"ן, רלב"ג, בכור שור].
באיסור שָׂדְךָ לֹא תִזְרַע כִּלְאָיִם, המילה שָׂדְךָ מלמדת שאיסור זריעת כלאיים נוהג דווקא בארץ ישראל, אף שאיסור הרכבת אילנות נוהג בכל מקום [תורה תמימה]. השימוש במילה זו מדגיש גם שהקפידה אינה רק על עצם פעולת הזריעה, אלא על כך שהשדה לא יהיה במצב של כלאיים – כלומר, אסור אפילו לקיים ולטפח כלאיים שצמחו מאליהם [מלבי"ם, תורה תמימה]. הטעם לאיסור בצומח הוא שהמינים השונים יונקים זה מזה, וכך משתנים טבעם וצורתם עד שכל גרעין הופך להיות מורכב משני מינים [רמב"ן, בכור שור]. עם זאת, יש המדגישים שהאיסור תלוי ב"מראית עין" – אם הזרעים מופרדים חזותית או שתערובת המינים בטלה במיעוטה (פחות מאחד חלקי עשרים וארבעה), אין בכך איסור [רלב"ג, רש"ר הירש].
החלק האחרון בפסוק עוסק בלבוש: וּבֶגֶד כִּלְאַיִם שַׁעַטְנֵז. חז"ל פירשו שהמילה שַׁעַטְנֵז היא נוטריקון של שלוש פעולות עיבוד: שוע (סרוק או מחובר), טווי (שזירת החוטים) ונוז (ארוג). ישנה מחלוקת האם איסור התורה חל רק כאשר כל שלוש הפעולות נעשו יחד בצמר ופשתים [רש"י], או שמא מספיק שאחד ממיני העיבוד ייעשה ובלבד שהחוטים יחוברו יחד [רמב"ן, הכתב והקבלה]. חלק מהפרשנים מסבירים את המילה "נוז" לא מלשון אריגה, אלא מלשון "נלוז" ועקום – כלומר, הלובש בגד כזה מתעקם וסר מדרך ה' [רמב"ן, רש"ר הירש]. גישות חלופיות מציעות שזוהי מילה מצרית עתיקה שמשמעותה בגד מרובה גוונים [שד"ל], או מילה זרה שמשמעותה דבר מזויף [רד"צ הופמן].
מדוע נאסר דווקא שילוב של צמר ופשתים?
גישה אחת מסבירה שזהו הרחקה מעבודה זרה, שכן כומרי האלילים והמכשפים נהגו ללבוש בגדים מעורבים אלו כדי לבצע את פעולותיהם [רמב"ן בשם הרמב"ם].
גישה שניה תולה זאת בקדושת המקדש: בגדי הכהנים נארגו מצמר ופשתים, והתורה אסרה על הדיוטות להשתמש בשילוב זה, בדומה לאיסור להעתיק את הרכב קטורת הסמים או שמן המשחה. שימוש חול בשעטנז משול לאדם פשוט המשתמש בשרביטו של המלך [בכור שור, חזקוני].
גישה שלישית קושרת זאת לחטא הקדמון: קין הביא מנחה מפשתן והבל הביא צמר. חיבור שני המינים הללו יחד מעורר את כוחות הטומאה והקטרוג שהובילו לרצח הראשון בהיסטוריה [רבנו בחיי].
גישה נוספת רואה בכך סמל פסיכולוגי-מוסרי: הצמר (הבא מן החי) מייצג את החומריות והיצרים החייתיים של האדם, בעוד הפשתן (הבא מן הצומח) מייצג את כוחות ההזנה והצמיחה. אצל בעלי החיים כוחות אלו מעורבבים לחלוטין, אך מהאדם נדרש להפריד ביניהם, לשלוט ביצריו ולרומם את עצמו. לבישת שעטנז מסמלת את ערבוב התכונות הללו ונסיגה לרמה החייתית [רש"ר הירש].
הפסוק נחתם במילים לֹא יַעֲלֶה עָלֶיךָ. ניסוח זה בא ללמד שלא רק לבישה רגילה של בגד אסורה, אלא אפילו "העלאה" – עטיפת הגוף בבד שעטנז לשם חימום. עם זאת, מותר להציע את הבד כמצע לשבת או לשכב עליו, בתנאי שהוא לא רך מדי ואין חשש שייכרך סביב בשר האדם [תורה תמימה, רש"ר הירש, אלשיך].