לאחר איסוף מי הים, הותיר ה' מים מתוקים ביבשה וסידר את מערכת הטבע בחכמה לתועלת הברואים. התהליך מתחיל כאשר אדים עולים מן הים ויורדים כגשם על ההרים. המים נבלעים באדמה, מתמצים בתוכה ונובעים החוצה כמעיינות [אבן עזרא, מלבי"ם].
הַמְשַׁלֵּחַ מַעְיָנִים בַּנְּחָלִים, ה' מכוון את מי המעיינות לזרום באפיקי הבקעות והנחלים באופן תדיר ושוטף מבלי שייפסקו [מצודת דוד, מאירי, ביאור שטיינזלץ]. המים יְהַלֵּכוּן, פועל המוסב על הנחלים עצמם (כאשר המילה "אשר" מובלעת בפסוק: אשר יהלכון), והם מנותבים לעבור דווקא בֵּין הָרִים [מלבי"ם].
ניתוב המים לאפיקים צרים בין ההרים אינו מקרי, והפרשנים מצביעים על שתי סיבות מרכזיות לכך. מצד אחד, הדבר נועד להגן על הצומח שבעמקים הרחבים מפני הצפה ונזק. מנגד, הדבר מבטא את ההשגחה הפרטית של ה' על כלל יצוריו; המים אינם נשלחים רק לאזורי יישוב אדם, אלא גם למקומות צרים, הרריים ונידחים שבהם חיות רק חיות השדה, כדי לספק שתייה להולכי מדבר ולחיות הבר [רד"ק, אלשיך]. זרימה זו של מים מתוקים הכרחית לקיום העולם, שכן היא מספקת מי שתייה, משקה את האילנות, מקררת את האוויר, מעניקה לחות לגוף ואף משמשת את האדם לצרכים טכניים כמו הפעלת טחנות קמח [רד"ק].