נסיגת המים אל עבר מקומם הקבוע התרחשה בתנועה מהירה ויוצאת דופן על פני היבשה. רוב הפרשנים מסכימים כי במהלך זרימתם, המים יַעֲלוּ הָרִים – כלומר, התרוממו ועברו מעל ההרים בניגוד לטבעם, ומשם יֵרְדוּ בְקָעוֹת. למרות שדרכם של מים להיקוות ולהישאר במקומות נמוכים, הם לא נעצרו בבקעות אלא המשיכו לזרום הלאה [מצודת דוד, המאירי]. מבחינה דקדוקית, הפעלים יַעֲלוּ ו-יֵרְדוּ מופיעים בלשון עתיד, אך משמעותם בפועל היא בלשון עבר [רד"ק].
יעדם הסופי של המים היה אֶל מְקוֹם זֶה יָסַדְתָּ לָהֶם, והכוונה היא אל הים, שהוא המקום והגבול שהגדיר להם ה׳ [ביאור שטיינזלץ, המאירי].
באשר לתזמון ההיסטורי של נסיגת המים, קיימות שתי גישות מרכזיות. גישה אחת קושרת את התהליך לימי בראשית, כאשר הארץ הייתה מכוסה כולה במים. ברצונו של ה׳, דחק הרוח את המים כדי לחשוף את היבשה, ונקבע להם גבול קבוע שאותו לא יעברו עוד [אבן עזרא]. מנגד, יש המפרשים כי האירוע התרחש מאוחר יותר, בדור אנוש, כאשר הים הציף שליש מן העולם. ה׳ לא רצה שההצפה תהיה קבועה, ולכן הציב למים גבול ברור כדי להבטיח שחריגה זו תישאר אירוע חד-פעמי [אלשיך].