לאחר שפרעה סירב להטות אוזן לאזהרה המוקדמת, ה' מורה על הוצאתה לפועל של מכת צפרדע. ציווי זה אינו חזרה כפולה על דבר האזהרה, אלא שלב הביצוע המעשי, שבו המכה מתרחבת מעבר לנילוס עצמו ומקיפה את כל אפיקיו ותעלותיו [קאסוטו].
הציווי מופנה אל אהרן ולא אל משה, וזאת מתוך חובת הכרת הטוב של משה כלפי היאור שהגן עליו בינקותו [ברכת אשר על התורה]. ה' מורה לאהרן נְטֵה, כלומר להרים ולהטות [ביאור שטיינזלץ] את מטהו. בניגוד למכה הקודמת, לא נאמר כאן "קח מטך", שכן המטה כבר היה בידו של אהרן עוד ממכת דם [מלבי"ם]. השימוש החוזר בביטוי "נטה ידך" לאורך המכות בא כהמשך להבטחה האלוהית לגאול את ישראל "בזרוע נטויה" [הטור הארוך].
באשר לאופן ביצוע הפעולה, קיימות מספר גישות. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שאהרן התבקש להטות את מטהו אל עבר ארבע רוחות השמים [אבן עזרא, הטור הארוך, ביאור יש"ר]. מנגד, יש המפרשים כי הנטייה הייתה ישירות לכיוון מקורות המים [ביאור שטיינזלץ]. גישה נוספת גורסת כי מאחר שהמים הקיפו את מצרים מכל עבר, נטיית המטה לא הייתה בהכרח לכיוון פיזי מסוים, אלא פעולה סמלית שנעשתה בעבור הנהרות כדי שיעלו את הצפרדעים [רלב"ג]. מטרת הפעולה הפיזית הייתה להראות באופן מובהק כי המכה חלה מיד עם נטיית היד ועל ידה [חזקוני].
הצפרדעים הועלו באופן ממוקד מתוך הַנְּהָרֹת, הַיְאֹרִים וְהָאֲגַמִּים בלבד, ולא מכל מקווה מים אחר במצרים [אבן עזרא, הטור הארוך].
ההוראה וְהַעַל מלמדת כי פעולת נטיית המטה היא רק הגורם שיביא לעליית הצפרדעים [ביאור שטיינזלץ]. למעשה, ההשרצה ויצירת הצפרדעים נעשו בידי ה' עצמו, ותפקידו של אהרן הסתכם רק בהעלאתן אל היבשה [מלבי"ם]. מאחורי התופעה עומד מנגנון רוחני עמוק: לכל יצור חי יש שורש רוחני עליון, וכך גם לצפרדעים. אותו כוח או "מזל" עליון הוא שהשמיע קול, קיבץ את כל הצפרדעים מכל רחבי מצרים, והעלה אותן יחד על הארץ [אלשיך].