ברגע המכריע של העלילה, השליט המצרי מוסר את פסק דינו הסופי ומעמיד את האחים בפני הניסיון הגדול ביותר שלהם. הוא דוחה את הצעתם לענישה קולקטיבית, וקובע כי רק מי שנתפס עם הגניבה ייענש, בעוד השאר חופשיים לשוב לביתם.
בהכרזתו חָלִילָה לִּי מֵעֲשׂוֹת זֹאת, יוסף מצהיר על מחויבותו לצדק וליושר. רוב הפרשנים מסבירים כי יוסף מבהיר שאין זה מכבודו ומדרכו להעניש אנשים חפים מפשע ולהשוות בין צדיק לרשע, במיוחד לאחר שכבר נהג בהם בכבוד והכניסם לביתו כאורחים [העמק דבר, ביאור שטיינזלץ]. מאחר שהגביע נמצא רק אצל אחד מהם, ייתכן מאוד ששאר האחים כלל לא ידעו על כך, ולכן אין עילה להענישם [רבנו בחיי, בכור שור]. גם אם קיים חשד כלפי כולם, יוסף טוען כי אינו יכול לפעול על סמך חשד בלבד ללא הוכחה [מלבי"ם], ומבחינתו די בעצם הימצאות הגביע כדי להרשיע את בנימין, ללא צורך בחקירה נוספת [ביאור יש"ר].
ברובד עמוק יותר, יוסף רומז לאחים כי אינו פועל כשליח ההשגחה כדי להעניש אותם על עוונותיהם הקודמים, דהיינו מכירת יוסף. הוא מבהיר כי ישפוט אותם אך ורק על החטא הספציפי שנעשה כלפיו כעת [ספורנו, אור החיים].
באשר לעונש עצמו, יוסף ממתיק את הדין. האחים הציעו קודם לכן שהגנב יומת והשאר יהיו עבדים, אך יוסף קובע כי הָאִישׁ אֲשֶׁר נִמְצָא הַגָּבִיעַ בְּיָדוֹ לא ייהרג, אלא רק יהפוך לעבד [רבנו בחיי, שפתי כהן]. מעניין לציין כי ניקוד המילה עָבֶד בקמץ מרמז שבנימין לא יהיה עבד פשוט ושפל, אלא יזכה למעמד חשוב ומכובד, בדומה למלך [הטור הארוך]. את שאר האחים הוא פוטר לחלוטין באומרו וְאַתֶּם עֲלוּ לְשָׁלוֹם אֶל אֲבִיכֶם, שכן יעקב מצפה להם בכיליון עיניים שיביאו את התבואה [רד"ק].
מאחורי פסק הדין המשפטי מסתתרת מטרתו האמיתית של יוסף. הפרשנים מסכימים כי יוסף יצר את כל התרחיש הזה כדי לבחון את אחיו ולראות האם עשו תשובה והשתנו מאז שהשליכו אותו לבור. הוא מעמיד אותם במצב זהה, כדי לבדוק האם יפקירו גם את בנה השני של רחל כפי שהפקירו אותו, או שימסרו את נפשם כדי להצילו [מלבי"ם, ביאור יש"ר, The Torah]. בנוסף, הוא מאלץ אותם להתמודד עם המשמעות של גרימת צער נורא לאביהם על אובדן בן אהוב נוסף. הביטוי "עלו לשלום" נושא בחובו אירוניה כאובה, שכן הוא מזכיר את השלום שאבד ליעקב כאשר אותם אחים בדיוק הביאו לו את כותונת הפסים המגואלת בדם [The Torah].
התעקשותו של יוסף להעניש רק את בנימין היא זו שמשנה את התמונה עבור יהודה ומובילה אותו לגשת ולהתעמת עם השליט בהמשך. בתחילה, כאשר האחים חשבו להיענש יחד, יהודה קיבל את הדין מתוך הבנה שהאלוהים מצא את עוונם הישן והם נענשים משמיים. אך ברגע שיוסף סירב להעניש את כולם ודרש רק את בנימין, יהודה הבין שאין מדובר בעונש אלוהי על חטאי העבר, אלא בשרירות לבו של השליט המצרי. הבנה זו היא שדחפה אותו לעמוד על שלו ולקיים את הערבות שהבטיח לאביו [אור החיים, העמק דבר].
מנקודת מבט היסטורית וקבלית, הפסוק טומן בחובו רמז לדורות הבאים. המילים "עלו לשלום אל אביכם" רומזות לעשרה הרוגי מלכות, גדולי ישראל שנהרגו על ידי הרומאים. על פי המסורת, חכמים אלו שילמו בגופם כדי לכפר באופן סופי על חטא מכירת יוסף, ולאחר שזוככו, הם עלו לשלום אל אביהם שבשמיים [רבנו בחיי].