ייחוסו של יאיר ואופן השגת נחלתו בארץ הגלעד מעלים שאלות באשר לזהותו ולשבטו. הכתוב פורס את השושלת שלו ומגשר על הפערים שבין רשימות היוחסין לבין התיאורים המופיעים בתורה.
הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שיאיר המוזכר כאן הוא אותו יאיר המופיע בספר במדבר ובספר דברים, כמי שכבש ערים בגלעד וקרא להן "חוות יאיר". אף שבתורה הוא מכונה "בן מנשה", הכתוב כאן מבהיר כי ייחוסו הרשמי מצד אביו הוא לשבט יהודה. השיוך למנשה נובע ממשפחת אמו, שכן סבתו הייתה בתו של מכיר בן מנשה. כאשר מכיר הלך לכבוש את הגלעד, יאיר נלווה אליו, כבש שטח משלו, ונשאר לשבת שם עם שבט אמו, כך שהערים הפכו לנחלתו [רד"ק, ביאור שטיינזלץ].
לעומת זאת, מסורת חז"ל מציגה תמונה שונה, ולפיה אין מדובר כלל ביאיר הכתוב בתורה אלא באדם אחר. לפי גישה זו, המילים וַיְהִי לוֹ מוסברות בכך שיאיר בן שגוב נשא אישה מארץ הגלעד, וכאשר מתה הוא ירש אותה. מתוך ירושת אשתו נפלו בחלקו אותן עשרים ושלוש ערים [רד"ק, מצודת דוד].