דמותו של פינחס בן אלעזר ניצבת בצומת מרתק של מנהיגות היסטורית והשגחה אלוהית. הכתוב משרטט את מעמדו הרם בראשית ימי ההתנחלות בארץ, אך בו זמנית מקפל בתוכו רמזים כואבים על שקיעתה של מנהיגות זו ועל הסתלקות הרוחניות ממנו בערוב ימיו.
המילה נָגִיד משמעותה ממונה או מנהיג, והמילה לְפָנִים מתייחסת לעבר הרחוק ולימים הקדמונים [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא כי מדובר בפינחס הכהן המוכר מהתורה, אשר שימש כראש הכהנים והיה ממונה על משפחות הלויים והקרחים, תפקיד שאותו ירש מאביו אלעזר [רד"ק, מלבי"ם]. בחירתו לתפקיד נבעה ממעלתו הרוחנית, שכן ה' העניק לו את ברית השלום והיה עמו [מצודת דוד, מלבי"ם]. לאור אריכות ימיו המופלגת של פינחס, שחי למעלה משלוש מאות שנה מאז יציאת מצרים ועד לתקופת השופטים, יש מן החכמים המזהים אותו עם אליהו הנביא [רד"ק]. עם זאת, קיימת דעת מיעוט המציעה כי מדובר בפינחס אחר, משבט לוי, והכתוב בא להדגיש שאין זה פינחס הכהן ההיסטורי שעליו שרתה רוח הקודש [רד"ק].
עיקר העניין הפרשני סובב סביב סוף הכתוב: לְפָנִים ה' עִמּוֹ. הפרשנים מסכימים כי הניסוח מצביע על שבר רוחני בחייו של פינחס. בעבר הייתה שורה עליו נבואה ורוח הקודש, אך מצב זה לא נמשך כל ימיו [רש"י, ביאור שטיינזלץ, מלבי"ם]. גם השימוש בפועל בלשון עבר, הָיָה עֲלֵיהֶם, רומז לכך שמעלתו ניטלה ממנו [רד"ק].
מדוע נסתלקה ממנו השכינה? הפרשנים מצביעים על שני אירועים טרגיים מתקופת השופטים. האחד הוא פרשת פילגש בגבעה. בעוד שבימי זמרי בן סלוא פעל פינחס בגבורה ומחה על החטא משום שה' היה עמו, הרי שבימי פילגש בגבעה הוא שתק ולא מחה, חוסר מעש שהוביל למותם של רבבות מישראל במלחמת אחים [רד"ק].
האירוע השני והמרכזי הוא סירובו של פינחס להתיר את נדרו של יפתח הגלעדי, שבגינו הוקרבה בתו של יפתח [רש"י, רד"ק, מלבי"ם, חומת אנך]. הרקע לכך היה מאבק של מעמד וכבוד: יפתח, המנהיג הפוליטי, סבר שעל פינחס לבוא אליו, ואילו פינחס, המנהיג הרוחני, טען שעל יפתח לבוא אליו. מבחינה הלכתית טהורה, הצדק היה עם פינחס; התרת נדרים דורשת שהאדם יהיה כפוף ומבטל את דעתו בפני החכם המתיר, בדומה לבעל המפר את נדרי אשתו, ולכן יפתח היה חייב להגיע אל פינחס כדי שההתרה תחול. למרות שהדין היבש היה לטובתו, פינחס נענש בחומרה משום שהקב"ה מדקדק עם חסידיו כחוט השערה. היה עליו לגלות מנהיגות, ללכת אל יפתח, ולהסביר לו בדרכי נועם שמבחינה הלכתית עליו לבוא אליו כדי שההתרה תתאפשר. משלא עשה זאת, והותיר את המצב על כנו, איבד את השראת השכינה [חומת אנך].