עבר הירדן היה בעברו מקום מושבם של הרפאים, אומה בעלת עוצמה אדירה שהייתה מורכבת מאנשים רבים וגבוהים במיוחד. השמדתם של ענקים אלו מנחלתם הייתה מעשה נס גלוי. המניע להתערבות האלוהית היה הרצון להעניק את הארץ לנחלה לבני עמון, בזכות היותם צאצאיו של לוט, בן אחיו של אברהם [ביאור יש"ר, ביאור שטיינזלץ]. מהלך זה משקף הנהגה אלוהית רחבה יותר, שבה ה' משמיד עמים חזקים כדי להנחיל את ארצם לאחרים, כפי שעשה כאשר נתן את הר שעיר לעשו [אבן עזרא].
הכתוב מדגיש את סדר הפעולות במילים וַיַּשְׁמִידֵם ה' מִפְּנֵיהֶם ולאחר מכן וַיִּירָשֻׁם: תחילה ה' השמיד את יושבי הארץ, ורק אז בני עמון ירשו אותה. השמדה מוחלטת זו הייתה הכרחית, משום שאותם עמים קדומים (הזמזומים) היו בעלי עורמה, מחשבה ועצה. בני עמון לא היו מסוגלים לחיות בקרבם בבטחה, אפילו אם היו מצליחים להשיג עליונות צבאית, ולכן נדרש מה' להכחידם כליל טרם ההתיישבות במקומם [העמק דבר]. בהקשר לפעולת ההכחדה, מסורות עתיקות של ספרי התורה מקפידות לכתוב את המילה וַיַּשְׁמִידֵם בכתיב מלא עם האות יו"ד [מנחת שי].