מכת החושך, התשיעית במכות מצרים והשלישית בסדרה האחרונה, נופלת על המצרים במפתיע וללא כל התראה מוקדמת. בניגוד למכות אחרות, ה' אינו שולח את משה להזהיר את פרעה, וזאת כדי למנוע מהמצרים להסתיר את רכושם מפני בני ישראל [חזקוני, הדר זקנים, צאינה וראינה, אבן עזרא הקצר]. הופעת החושך מהווה שבירה מוחלטת של סדרי הבראשית ומפגינה את שליטתו של ה' על כוחות הטבע, ובפרט על אל השמש המצרי, שמאורו הוחשך לחלוטין [קאסוטו].
הציווי נְטֵה יָדְךָ עַל הַשָּׁמַיִם מכוון אל חלל האוויר [ספורנו, חזקוני]. משה מצטווה להטיל את המכה ממרומים כדי להראות שכוח הנס עומד מעל למערכת הגלגלים והטבע [רבנו בחיי], ובפעולתו זו הוא חוסם למעשה את מעבר קרני השמש אל הארץ [אברבנאל].
המילה "ויהי" בצירוף וִיהִי חֹשֶׁךְ מעידה כי לא מדובר בחשיכה טבעית הנובעת מהיעדר אור, אלא בבריאה חדשה של ישות ממשית [הכתב והקבלה, ביאור יש"ר, בית הלוי]. זהו חושך סמיך ועבה שכיבה אפילו אור של אש ונרות [אבן עזרא, הטור הארוך, אברבנאל, מלבי"ם]. הפרשנים מציעים מספר הסברים פיזיקליים לתופעה: יש שמתארים סופת חול מדברית כבדה שמילאה את האוויר [קאסוטו], אחרים מסבירים כי רוח הים העלתה עננים ואידים דחוסים שמנעו מקרני האור להבקיע [מלבי"ם, אברבנאל, רלב"ג], ויש הטוענים כי החושך לא היה באוויר אלא בעיני המצרים עצמם, כעין קרום או עיוורון זמני שמנע מהם לראות [הכתב והקבלה, תורה תמימה, ביאור יש"ר].
למכה זו היו שתי מטרות סמויות שהצריכו אפלה מוחלטת המשתקת את המצרים ממקומם. ראשית, להמית את רשעי ישראל שלא רצו לצאת ממצרים, מבלי שהמצרים יראו זאת וישמחו לאידם [כלי יקר, פני דוד, צאינה וראינה, אלשיך]. שנית, לאפשר לבני ישראל להיכנס לבתי המצרים באין מפריע, לחפש ולראות היכן מוסתרים כלי הכסף והזהב, כדי שיוכלו לשאול אותם מאוחר יותר מבלי שהמצרים יוכלו להכחיש את קיומם [צאינה וראינה, אלשיך, פענח רזא]. בנוסף, בניגוד למכות קודמות שבהן פרעה יכול היה לחזור בתשובה תוך כדי המכה, עוביו של החושך מנע ממנו אפילו לקום ממקומו, ובכך נשללה ממנו האפשרות להיכנע [כלי יקר].
בביאור המילים וְיָמֵשׁ חֹשֶׁךְ נחלקו המפרשים, וניתן לזהות שלוש גישות מרכזיות להבנת השורש של המילה:
הגישה הראשונה גוזרת את המילה מלשון הסרה, כלומר החושך הטבעי של הלילה יסור ויחלוף, ורק לאחר שיעלה אור היום תתחיל מכת החושך. זאת כדי שהנס יהיה גלוי ומפורסם לכל, ולא יטעו לחשוב שזהו פשוט לילה ארוך מהרגיל [רש"י, ספורנו, רבנו בחיי, כלי יקר, צאינה וראינה, נתינה לגר, ריב"א, גור אריה]. במסגרת גישה זו, יש אף המפרשים שהסרה זו מתייחסת לכך שמשה הסיר את החושך מארץ גושן, מושבם של בני ישראל [אברבנאל, אבן עזרא הקצר].
הגישה השנייה מפרשת את המילה מלשון אמש (לילה), בהשמטת האות אל"ף. לפי פירוש זה, החושך של מצרים יהפוך את הלילה למאופל, חשוך ועבה הרבה יותר מחשיכה של לילה רגיל [רש"י, רשב"ם, אבן עזרא, מזרחי, בכור שור, דברי דוד, שפתי חכמים, לבוש האורה].
הגישה השלישית, שהיא המרכזית בקרב רוב הפרשנים, גוזרת את המילה מלשון מישוש. האוויר הפך לסמיך ומוחשי כל כך, עד שהמצרים נאלצו לגשש באפלה כמו עיוורים, והיו ממששים את החושך בידיהם [אבן עזרא, שד"ל, הטור הארוך, רלב"ג, הכתב והקבלה, ביאור שטיינזלץ, רש"ר הירש]. החושך אחז בהם, מנע מהם לקום או לשבת, ויש אף המפרשים שהחושך הביא עליהם חזיונות אימה ופחד שאחזו בהם פיזית ונפשית [ביאור יש"ר].