מכת החושך בולטת מבין מכות מצרים כהפגנה מוחלטת של שליטת ה' במאורות ובטבע האור. בניגוד לשאר המכות, שבהן ההבדל בין ישראל למצרים היה גלוי לעין, מכה זו יצרה ניתוק כה מוחלט עד שהמצרים כלל לא יכלו לראות שישראל אינם לוקים בה. משום כך, מכה זו נושאת בתוכה רבדים עמוקים של מידה כנגד מידה: המצרים ששעבדו את ישראל באכזריות וכבלו אותם כאסירים, מצאו את עצמם כעת עיוורים באפלה וכבולים למקומם ללא יכולת תזוזה [ביאור יש"ר].
בתיאור המכה, הכתוב מציין וַיֵּט מֹשֶׁה אֶת יָדוֹ. הפרשנים שואלים מדוע כאן נטה משה את ידו ולא את מטהו, כפי שעשה במכות הברד והארבה. יש המסבירים כי החושך נבע ממקור אלוהי עליון, ולכן לא היה זה מכובד להניף כלפי מעלה את המטה [אור החיים]. גישה אחרת רואה בהשמטת המטה רמז ל"יד החזקה" שהופנתה במכה זו גם כלפי פנים, אל עבר אותם פושעים בעם ישראל שמתו במהלכה [העמק דבר].
עוצמת המכה מתוארת במילים חֹשֶׁךְ אֲפֵלָה. הפרשנים מסכימים כי הצירוף מצביע על דרגת הפלגה של חושך מוחלט וקיצוני [רשב"ם, קאסוטו, ביאור שטיינזלץ], שלב אליו מגיע החושך כאשר כל המציאות הופכת למסופקת ומעורפלת [רש"ר הירש]. באשר לטבעו של חושך זה, הדעות חלוקות. יש הסבורים כי מדובר בתופעת טבע קיצונית של סופת חול אדירה [קאסוטו], או בערפל אוקיינוסי סמיך שאינו מאפשר להבחין בין יום ללילה [אבן עזרא]. לעומתם, הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שמדובר בחושך על טבעי. יש שתיארו אותו כאדים עבים ומוחשיים שעלו מן הגיהינום ומנעו מקרני האור לעבור, ויש שפירשו זאת כהתגלות של אור אלוהי גנוז; אור רוחני כה עצום, עד שעבור המצרים החומריים הוא תפקד כעיוורון מוחלט, בעוד שבעבור ישראל הוא האיר גם את המקומות הנסתרים ביותר [מלבי"ם].
התקופה המוגדרת כשְׁלֹשֶׁת יָמִים אינה מתארת רק מספר ימים, אלא מצביעה מבחינה לשונית על רצף וסמיכות, מעין חטיבה אחת של זמן שלם [רש"י, מזרחי, גור אריה], ולדעת חלק מהמפרשים ייתכן שלא היה מדובר ביממות שלמות אלא בחלקי ימים שהצטרפו יחד [לבוש האורה]. הכתוב אינו מזכיר את הלילות, שכן בימים אלו ממילא לא היה כל הבדל בין יום ללילה [אבן עזרא].
רוב הפרשנים מסכימים כי למעשה היו במצרים שישה ימים של חושך, שהתחלקו לשתי תקופות שונות בתכלית של שלושה ימים כל אחת, כאשר היום השביעי של החושך נשמר לעתיד, לרגע קריעת ים סוף [חזקוני, משכיל לדוד].
שלושת הימים הראשונים היו חושך שבו המצרים רק לא ראו איש את אחיו. מטרתו העיקרית של שלב זה לא הייתה להעניש את המצרים, אלא לאפשר את מותם וקבורתם של רשעי ישראל שלא רצו לצאת ממצרים. החושך נועד להסתיר זאת מעיני המצרים, כדי שלא יראו במפלתם של ישראל וישמחו לאידם [רש"י, נחלת יעקב].
שלושת הימים האחרונים היו חושך מוכפל וסמיך בהרבה, שבו המצרים רותקו למקומם, קפאו מרוב פחד [פרדס יוסף], ואף אוזניהם נאטמו [לבוש האורה]. מטרת השיתוק המוחלט הייתה לאפשר לישראל להיכנס באין מפריע לבתי המצרים ולחפש את כליהם ורכושם. העובדה שהמצרים ידעו כי ישראל יכלו לקחת את כל רכושם בזמן שהיו חסרי אונים, אך בחרו רק להסתכל ולא לגנוב דבר, הוכיחה את ישרותם. כך, כאשר ישראל יצאו וביקשו את הכלים, והמצרים ניסו להתכחש ולהגיד שאין להם, יכלו ישראל להצביע בדיוק על המקום שבו מוחבא הרכוש. גילוי זה, יחד עם ההערכה על כך שלא נבזזו, גרמו למצרים להשאיל להם את רכושם בעל כורחם אך מתוך נשיאת חן [שפתי חכמים, יריעות שלמה].