לקראת שליחותו של משה למצרים, ה' מצייד אותו במערכת הולכת וגוברת של הוכחות על-טבעיות. האות השלישי אינו רק אמצעי שכנוע נוסף, אלא הפגנת כוח מוחלטת הפוגעת בבסיס הקיום והאמונה של האימפריה המצרית, ונועדה להתמודד עם רבדי הספק העמוקים ביותר של העם.
ההקדמה לאות זה נועדה להרגיע את חששותיו הפסיכולוגיים של משה. גם אם בני ישראל יראו את שני האותות הראשונים ולא יפגינו חוסר אמונה גלוי, ה' יודע שמשה עלול לחשוש שמא בליבם פנימה הם עדיין מפקפקים. האות השלישי נועד לעקור את הספק הנסתר הזה לחלוטין [אור החיים, קאסוטו]. בעוד ששני האותות הראשונים בוצעו מיד במעמד הסנה, אות זה לא נוסה במקום, שכן הוא דרש את מי הנילוס, וה' הבטיח למשה שהוא יתקיים בבוא העת במצרים [ביאור שטיינזלץ]. אות זה נועד גם להזהיר את קטני האמונה שעתידים לכפור במשה בהמשך הדרך כאשר קושי השעבוד יגבר. הוא ממחיש כיצד תהליך הגאולה, המשול למים חיים, עלול להפוך לסם המוות עבור אלו שיסרבו להאמין ולא ישתתפו בצער הכלל [העמק דבר, מלבי"ם].
הציווי לקחת מִמֵּימֵי הַיְאֹר טומן בחובו משמעות סמלית כבירה. הנילוס היה מקור החיים, החקלאות והכלכלה של מצרים, ונחשב בעיניהם לאלוהות של ממש. הפגיעה בו מוכיחה כי ה' שולט על כוחות הטבע ועל אלוהי מצרים, והיא מהווה למעשה מעין התחלה או תצוגת תכלית של המכה הראשונה מעשר המכות [רש"י, אבן עזרא, כלי יקר, רש"ר הירש, קאסוטו]. הפיכת המים לדם רומזת לעונש העתידי של המצרים: שפיכת דמם במכת בכורות ובקריעת ים סוף, מידה כנגד מידה על כך שהשליכו את ילדי ישראל ליאור [הדר זקנים, דעת זקנים, חתם סופר]. בנוסף, בניגוד לשני האותות הראשונים (המטה והצרעת) שבהם החפץ או האיבר חזרו למצבם הטבעי, הפיכת מים לדם היא שינוי מהותי ומוחלט של חומר פשוט לחומר מורכב שאינו חוזר לקדמותו. דבר זה מוכיח מעל לכל ספק שמדובר בגבורת ה' ולא באחיזת עיניים או כישוף, שכן מעשה כישוף נוטה לחזור למצבו המקורי [ספורנו, חזקוני, מלבי"ם, גור אריה].
הפרשנים מתעכבים על הכפילות התחבירית בפסוק: וְהָיוּ הַמַּיִם... וְהָיוּ לְדָם.
גישה מרכזית בקרב הפרשנים מסבירה שהכפילות באה ללמד על תזמון הפלא. המים יישארו מים זכים כל עוד הם נמצאים בידו של משה, ויהפכו לדם רק ברגע שיפגעו בקרקע. נס מדויק זה נועד למנוע מהספקנים לטעון שמשה הסתיר בידו צבע או חומר כישוף שהאדים את המים [רש"י, רבינו בחיי, מלבי"ם, לבוש האורה, דברי דוד]. טעם נוסף להשהיית הנס עד להגעת המים לארץ הוא כדי שמשה עצמו לא יהיה זה שמכה או פוגע ישירות במי היאור, שכן היאור הגן עליו בהיותו תינוק בתיבה [אור החיים]. גישה נוספת רואה בכפילות המילה הוראה לכך שהמים יעברו שינוי פיזיקלי מוחלט וקבוע, או שהנס יחזור על עצמו בכל פעם שיבקשו לנסות את משה [גור אריה, יריעות שלמה, העמק דבר].
מנגד, ישנם פרשנים החולקים על הצורך לדרוש את כפילות המילה, ומסבירים כי על פי כללי הדקדוק המקראי, חזרה על מילה היא תופעה סגנונית שכיחה הנועדה לחזק את הדברים, או לגשר על פני משפט ארוך המפריד בין חלקי הפסוק [רמב"ן, רשב"ם, שפתי חכמים].