האות השני שניתן למשה במעמד הסנה מגיע לשיאו ברגע של ריפוי פלאי. לאחר שידו לקתה בצרעת, ה' מצווה עליו להשיב אותה אל תוך בגדו, וכאשר הוא מוציא אותה, בשר היד חוזר להיות רגיל ובריא והמחלה נעלמת [ביאור שטיינזלץ]. נס זה ממחיש כי שליטתו של ה' אינה מוגבלת רק לעצמים דוממים כמו המטה, אלא היא חלה גם על גוף האדם עצמו, ויש בידו הכוח להשפיל או לעזור לאדם כרצונו [רש"ר הירש, ביאור יש"ר].
הפרשנים מדקדקים בבחירת המילים בפסוק. בציווי הָשֵׁב יָדְךָ אֶל חֵיקֶךָ, התורה משתמשת במילה "אל" ולא "בתוך". יש המסבירים זאת במישור הפיזי: משה סבל מכאבים עזים בעקבות הצרעת ולכן לא יכל להכניס את ידו פנימה מיד, אלא רק הניח אותה סמוך לחיקו עד שהכאב חלף, ורק אז הכניסה פנימה [העמק דבר]. אחרים רואים בכך רמז להלכות צרעת, שכן הופעת הנגע והיטהרותו כרוכים בתהליך של הסגר, והסתרת היד מדמה מצב זה [דעת זקנים, הדר זקנים]. במישור הסמלי, הכנסת היד לחיק מסמלת רפיון ועצלות. ה' מצווה על משה להתגבר על נטייה זו, להוציא את ידו ולהתכונן למלאכתו הגדולה ללא לאות [מלבי"ם].
הבדל בולט קיים בין תיאור הריפוי בפסוק זה לבין תיאור הופעת המחלה בפסוק הקודם. כאן נאמר וַיּוֹצִאָהּ מֵחֵיקוֹ, תוספת המעידה כי הריפוי התרחש עוד בהיות היד בתוך הבגד, בעוד שבפסוק הקודם הצרעת הופיעה רק לאחר שהוציא את היד. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא ששינוי זה מלמד יסוד רוחני עמוק: "מידה טובה ממהרת לבוא ממידת פורענות". ה' ממהר להביא רפואה וברכה באופן מיידי, אך משהה את העונש כדי לאפשר לאדם זמן לחזור בתשובה ולהינצל, שכן אין הוא חפץ בקלקלתם של בני אדם [רש"י, תורה תמימה, משכיל לדוד, ברכת אשר].
כאשר היד נרפאת, נאמר וְהִנֵּה שָׁבָה כִּבְשָׂרוֹ. יש המדגישים כי בשר היד לא רק חזר לקדמותו, אלא הפך לזך ונקי יותר משהיה, שכן הצרעת מנקה את כל הפסולת שבגוף [העמק דבר].
לאות זה ישנן משמעויות סמליות רחבות. בסביבה המצרית, שבה הצרעת הייתה נפוצה ונחשבה למחלה חשוכת מרפא, ריפוי מיידי כזה נועד לעורר רושם כביר על הרואים. עצם נכונותו של משה לקבל על עצמו מחלה כה קשה רק כדי להוכיח את אמיתות דבריו, מעידה על אומץ ליבו ומסירותו לשליחות [קאסוטו]. ברמה הלאומית, היטהרות היד רומזת לעתיד של עם ישראל, שעתיד להיטהר מטומאת מצרים [הדר זקנים]. האות גם מעביר מסר לעם על תזמון וסבלנות: לעיתים חוסר מעש ("ישיבה בחיבוק ידיים") מביא כליה, אך לעיתים, כאשר הדבר נעשה בציווי ה', דווקא ההמתנה וההימנעות מפעולה הן שמביאות את הישועה [רש"ר הירש].
לבסוף, האות נושא מסר אישי למשה: כשם שניסיונו הראשון להתקרב ולעזור לישראל במצרים הסתיים בכישלון, בפחד ובבריחה – כך גם ידו לקתה תחילה בצרעת; אך כשם שידו נרפאה והפכה זכה מבעבר, כך חזרתו כעת אל העם, לאחר שמתו מבקשי נפשו, תוביל להצלחה ולגדולה חסרת תקדים [העמק דבר].