הצו האלוהי להשליך את המטה אל הקרקע והפיכתו הפתאומית לבעל חיים מאיים, מעוררים תגובה אינסטינקטיבית של מנוסה מצד הנביא הגדול. התרחשות דרמטית זו אינה רק מפגן כוח אלוהי, אלא נושאת בחובה מסרים רוחניים, היסטוריים ואישיים עמוקים עבור משה ועבור העם.
השינוי שהתחולל במטה היה נס על-טבעי מוחלט, וכל ניסיון פילוסופי להסבירו כתהליך טבעי משולל יסוד [אבן עזרא]. המטה הפך לנָחָשׁ חי, נושם ורודף באמת, בניגוד לכישופי החרטומים במצרים שייצרו בהמשך רק אשליה חסרת חיות ממשית [ספורנו].
הפרשנים מציעים מספר רבדים למשמעות הפיכת המטה דווקא לנָחָשׁ:
ברובד ההיסטורי, הנחש מסמל את פרעה ועבדיו, אשר נושכים וממיתים את ישראל באכזריות. חזרת הנחש להיות מטה עץ יבש רומזת שכוחו של פרעה עתיד להתייבש ולהתבטל כליל [דעת זקנים, הטור הארוך].
ברובד הלאומי, המטה מייצג את קדושתם של ישראל. השלכתו אַרְצָה משקפת את השלכתם של ישראל לגלות ולשעבוד, שם אימצו את אומנות הנחש. עם זאת, התפיסה בזנב הנחש לאחר מכן מסמלת שדווקא מתוך השפלות והענווה שלהם, הם יזכו להתרומם חזרה למדרגתם הקדושה [נחלת יעקב, חתם סופר].
ברובד הרוחני, הפעולה ממחישה את המעבר מרשות לרשות. כאשר המטה עוזב את ידו הקדושה של משה ומושלך אַרְצָה אל המציאות החומרית, הוא הופך לנחש המייצג את כוחות הטומאה והרע, העומדים בניגוד גמור לקדושתו של משה [מלבי"ם, אור החיים].
גישה מרכזית בקרב רוב הפרשנים רואה באות זה תוכחה אישית ורמז למשה רבנו. כאשר משה טען קודם לכן שישראל לא יאמינו לו, הוא קבע זאת כעובדה מוחלטת ולא הביע זאת כספק. בכך הוא חטא בהוצאת דיבה ודיבור לשון הרע על העם, ועל כן הראה לו ה' את הנָחָשׁ, שכן הנחש הקדמוני בגן עדן היה הראשון לחטוא בדיבור לשון הרע על בוראו [רש"י, ברכת אשר על התורה]. האותות, שהמחישו את יכולתו של ה' להחיות עץ יבש ולהמית יד חיה (בצרעת), נועדו להוכיח למשה שה' שולט בטבע ויכול לשנות את סדריו, ולכן שליחותו תצליח מעל לכל ספק [רבנו בחיי, רמב"ן, ביאור יש"ר].
הכתוב מציין כי וַיָּנָס מֹשֶׁה מִפָּנָיו, כלומר ברח מפני הנחש [ביאור שטיינזלץ]. תגובה זו מעוררת תמיהה: מדוע שיברח אם ידע שהכל נעשה בציווי ה'?
יש המסבירים כי מדובר בתגובה אנושית וטבעית של אימה מפני סכנה פתאומית, שכן כל אדם בורח ממה שמזיק לו וממעמד מבהיל, גם כשהוא מודע לחלוטין להשגחת ה' [רמב"ן, העמק דבר, ביאור יש"ר, קאסוטו]. אחרים מוסיפים כי משה ברח מתוך פחד מעונש; מאחר שהבין שחטא בלשון הרע, חשש שהנחש נשלח כדי להכישו כגמול על חטאו [רמב"ן, הטור הארוך].
גישה עמוקה יותר מציעה שמשה לא ברח רק מפני הסכנה הפיזית, אלא מן השליחות עצמה. כאשר ראה שישראל נמשלו לנחש, חשש שמצבם אבוד, שכן על פי המדרש לכל בעלי החיים תהיה תרופה לעתיד לבוא מלבד לנחש. משה תהה לשם מה עליו ללכת אל פרעה, אם ישראל נידונו להישאר תמיד מושפלים כזוחלי עפר ללא תקנה [כלי יקר].