קדושת העבודה במקדש דורשת הקפדה יתרה לא רק על זהות המשרתים, אלא גם על לבושם. הנחיה זו קובעת קו גבול ברור לגבי סוגי הבדים המותרים והאסורים בכניסה למרחבים המקודשים ביותר.
הפרשנים נחלקו בשאלת הזמן והמקום שאליהם מכוונת ההוראה. גישה אחת סבורה כי המילים אֶל שַׁעֲרֵי הֶחָצֵר הַפְּנִימִית מתייחסות לעבודת כהן גדול ביום הכיפורים, בתוך ההיכל וקודש הקודשים [רש"י, מצודת דוד, צאינה וראינה]. לפי פירוש זה, ההיכל מכונה כאן "חצר" רק ביחס לקודש הקודשים הפנימי יותר, ושערי החצר הם שערי ההיכל. המילה וָבָיְתָה משמעותה כניסה פנימה אל תוך קודש הקודשים עצמו [מצודת דוד, רש"י].
מנגד, יש המקשים על גישה זו, שכן הפסוק נוקט בלשון רבים ("בבואם"), ואילו ביום הכיפורים רק כהן גדול אחד נכנס אל הקודש. לכן, הם מסבירים כי מדובר בחידוש הלכתי שיתקיים בבית המקדש העתידי. לפי קו מחשבה זה, החצר הפנימית היא כפשוטה – עזרת הכהנים שבה ניצב המזבח [רד"ק, ביאור שטיינזלץ].
באשר ללבוש עצמו, הפסוק מדגיש כי בִּגְדֵי פִשְׁתִּים יִלְבָּשׁוּ וְלֹא־יַעֲלֶה עֲלֵיהֶם צֶמֶר. הכהנים ילבשו בגדי לבן העשויים אך ורק מפשתן, ללא כל תוספת של חוטי צמר תכלת שהיו רגילים לשלב בבגדי הכהונה הרגילים, ובוודאי שללא אריגים אחרים [רש"י, מלבי"ם, ביאור שטיינזלץ].
לשינוי זה בלבוש ניתנו מספר טעמים המרכיבים יחד תמונה רב־שכבתית:
מבחינה מעמדית, לעתיד לבוא יתעלו הכהנים הרגילים (בני צדוק) למדרגה רוחנית קרובה לזו של הכהן הגדול, ולכן יזכו ללבוש בגדי פשתן טהורים כפי שלבש הוא בעבודת הפנים של יום הכיפורים [מלבי"ם].
מבחינה מעשית, הצמר מחמם את הגוף וגורם לזיעה, תופעה שאינה ראויה בעת העבודה הפנימית [מלבי"ם].
מבחינה רעיונית ורוחנית, הצמר מסמל את מידת הדין, ואילו הפשתן מסמל חסד ורחמים. לעתיד לבוא, עבודת המקדש תהיה כולה על טהרת החסד, ולכן הכהנים ילבשו פשתן בלבד כדי להורות על מציאות של רחמים שלמים [אהבת יהונתן].