במהלך סעודת המשנה בבית יוסף, נערכת הפרדה בולטת ומוזרה של הסועדים לשלוש קבוצות נפרדות: יוסף לבדו, אֶחיו לבדם, והמצרים לבדם. חלוקה זו עוררה פליאה בקרב האחים, שתמהו מדוע יוסף, הנראה כשליט מצרי, נמנע מלאכול עם בני עמו ואנשי ביתו [ביאור שטיינזלץ].
באשר להפרדתו של יוסף, וַיָּשִׂימוּ לוֹ לְבַדּוֹ, מציעים הפרשנים מספר מניעים. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהדבר נעשה מתוך גינוני מלכות וכבוד; אין זה קביל ששר גדול יסעד על שולחן אחד יחד עם אנשים פשוטים ונכרים. המטרה היא לשמור על יראת הכבוד כלפיו ולמנוע מצב שבו יאלצו הסועדים לחלוק עמו סכו"ם [רד"ק, שד"ל, העמק דבר, בכור שור]. מנגד, יש הסבורים כי ההפרדה נבעה ממניעים טקטיים: יוסף ביקש להסתיר את מוצאו העברי מעיני אחיו [ספורנו], או לחלופין, להזכיר להם באופן פסיכולוגי סמוי את מכירתו – כשם שהם ישבו לאכול לחם והשאירו אותו לבדו בבור, כך כעת הוא יושב לבדו, כדי שלא ירום לבם והם יישארו בחרדה [שפתי כהן]. דעה נוספת גורסת כי יוסף, שלא רצה לפגוע במצרים או באחיו, בחר לשבת לבדו כדי לשמור על זהותו העברית מבלי לעורר מתחים דיפלומטיים. [רש"ר הירש, ביאור יש"ר]. חיזוק לכך שיוסף ישב לבדו רק בגלל מעמדו ניתן למצוא בטעמי המקרא: האתנחתא מופיעה במילה לְבַדָּם הראשונה, מה שמוכיח כי סיבת התועבה המוזכרת בהמשך מתייחסת אך ורק להפרדה בין המצרים לאחים, ולא ליוסף [ביאור יש"ר].
ההפרדה בין האחים למצרים, וְלָהֶם לְבַדָּם וְלַמִּצְרִים... לְבַדָּם, נובעת מהאיסור המצרי לאכול אֶת־הָעִבְרִים לֶחֶם. המילה הִוא בפסוק אינה מתייחסת לעברים עצמם, אלא לעצם פעולת האכילה המשותפת עמם [מזרחי, ברכת אשר].
מדוע אכילה זו נחשבה כִּי־תוֹעֵבָה הִוא לְמִצְרַיִם? הפרשנים נחלקים לשני כיוונים עיקריים: הדתי והחברתי. מבחינה דתית, העברים נהגו לשחוט ולאכול בשר צאן, בעוד שהמצרים סגדו למזל טלה, נמנעו לחלוטין מאכילת בשר, והשתמשו בצאן רק לחלב ולגז. אכילת בעל החיים שהמצרים עובדים לו נחשבה עבורם לחילול הקודש ולדבר שנוי [רש"י, רד"ק, נתינה לגר, ביאור יש"ר, ברכת אשר, ביאור שטיינזלץ]. מבחינה חברתית ותרבותית, המילה תוֹעֵבָה מבטאת תחושת גועל עמוקה וכאב רגשי [רש"ר הירש]. המצרים הקדמונים נודעו כאומה גסת רוח ויהירה, אשר בזה לזרים בכלל ולרועי צאן בפרט, ועל כן סירבו לחלוק עמם שולחן [רשב"ם, חזקוני]. למרות שקשה לנו כיום להבין את פרטי חוקי המזון של המצרים הקדמונים, ברור כי היו להם חוקי איסור והיתר נוקשים שמנעו מהם סעודה משותפת עם בני דת אחרת, בדומה להלכות הכשרות [שד"ל]. עצם העובדה שהעברים מוזכרים כאומה נפרדת בעלת שם ייחודי, למרות שמנו באותה עת רק כשבעים נפש, מעידה על נוכחותם הבולטת והמובחנת כבר באותה תקופה [רש"ר הירש].