עם סיום ניצחונו המופלא של דוד, נרקם קשר עמוק וייחודי בינו לבין יהונתן בן שאול. המילים כְּכַלֹּתוֹ לְדַבֵּר אֶל שָׁאוּל מכוונות לרגע שבו סיים דוד את דבריו [ביאור שטיינזלץ]. חלק מהפרשנים מסבירים כי ברגע זה שמע יהונתן שדוד הוא בנו של ישי, אדם המפורסם בקדושתו ובחסידותו, והבין כי מדובר באדם בעל שיעור קומה [מצודת דוד, חומת אנך]. פרשנות נוספת מעמיקה ומסבירה כי מתוך דבריו של דוד, שהזכיר את מוצאו מבית לחם, הבין יהונתן כי דוד הוא המיועד למלוכה מאת ה' [אלשיך].
הביטוי וְנֶפֶשׁ יְהוֹנָתָן נִקְשְׁרָה בְּנֶפֶשׁ דָּוִד משמש כמליצה פיוטית לחיבור עמוק ואהבה עזה, כאילו נפשותיהם התחברו לאחת [מצודת ציון]. בניגוד לשאול המלך שהמשיך לחקור ולבדוק את דוד, יהונתן לא נזקק לחקירות, אלא התחבר אליו באופן מיידי [אברבנאל]. הפרשנים מסכימים כי לא מדובר באהבה התלויה בדבר, כגון אהבת נעורים או אהבה למען תועלת אישית, אלא באהבה רוחנית ועצמית לשם שמים – אהבת הטוב בשל היותו טוב [מלבי"ם, אברבנאל, חומת אנך]. קשר זה נבע מדמיון רוחני של קדושה וגבורה, שכן הדומה נמשך ומשתוקק לדומה [מלבי"ם], וכן מהתרשמותו העמוקה של יהונתן מענוותנותו העצומה של דוד, שנותר שפל רוח למרות התשועה הניסית והגדולה שהביא [חומת אנך].
המילים וַיֶּאֱהָבֵהוּ יְהוֹנָתָן כְּנַפְשׁוֹ מלמדות שיהונתן אהב את דוד באהבה העזה ביותר, ממש כפי שהוא אוהב את עצמו [ביאור שטיינזלץ, מלבי"ם], ובהתאם למעלת נפשו הגבוהה של דוד [אברבנאל]. בשלב זה, יהונתן כבר ראה את הצלחתו של דוד והבין כי הוא עתיד למלוך על ישראל במקומו. למרות זאת, הוסרה מליבו כל קנאה, והוא קיבל באהבה את רצון ה' [רלב"ג, אלשיך]. לאור פערי המעמדות שנוצרו ביניהם כעת, כאשר דוד מיועד למלוכה ויהונתן נותר כאחד העם, יש המסבירים כי המילה כְּנַפְשׁוֹ באה ללמד על אהבה נדירה שאינה בין שווים. כשם שהגוף החומרי אוהב את הנפש הרוחנית למרות שאינם שווים בערכם, כך אהב יהונתן את דוד על אף שדוד היה כעת גדול ממנו [אלשיך].