נפילתו הטראגית של שמשון הופכת אותו ממנהיג בלתי מנוצח לאסיר מושפל וחסר אונים. לאחר שסוד כוחו התגלה וגבורתו העל טבעית סרה ממנו, הוא נותר כאחד האדם. מצב זה אפשר לקבוצת הפלשתים לגבור עליו בקלות, כפי שעולה מהמילים וַיֹּאחֲזוּהוּ פְלִשְׁתִּים [ביאור שטיינזלץ].
מיד לאחר לכידתו, הפלשתים וַיְנַקְּרוּ אֶת עֵינָיו, כלומר ניקבו ועקרו אותן [מצודת ציון]. עונש אכזרי זה אינו מקרי, וחז"ל מציינים כי שמשון "הלך אחר עיניו" כשנמשך אחר נשים פלשתיות, ולכן נענש במידה כנגד מידה בעיוורון. מעבר לכך, ישנו פירוש ולפיו פגיעה זו נועדה להוות תיקון רוחני על כך שגרם בעקיפין לעיוורונו של יצחק אבינו [חומת אנך].
הפלשתים וַיּוֹרִידוּ אוֹתוֹ עַזָּתָה. הורדה זו לעזה אינה רק ציון גיאוגרפי, אלא סגירת מעגל סמלית, שכן עזה היא המקום שבו החלה הידרדרותו המוסרית [רש"י]. שם, וַיַּאַסְרוּהוּ בַּנְחֻשְׁתַּיִם, כבלו אותו בשלשלאות וכבלי מתכת עשויים נחושת [מצודת ציון, רד"ק, ביאור שטיינזלץ].
בבית הסהר, אשר נכתב במקור "האסירים" אך נקרא הָאֲסוּרִים [מנחת שי], נגזר על שמשון גורל של עבודת פרך, וַיְהִי טוֹחֵן. סביב מהותה של טחינה זו קיימות שתי גישות מרכזיות בקרב הפרשנים.
על פי הפשט, מדובר בעבודה פיזית קשה ובזויה ברחיים [מצודת דוד]. מנהג הארצות באותה תקופה היה להציב רחיים בבתי הכלא, כדי שהאסירים הכבולים יוכלו לעבוד ולכלכל את עצמם מן הטחינה [רד"ק]. ייתכן שאילצו אותו לסובב מטחנה גדולה שנועדה בדרך כלל לבהמות עבודה, שכן למרות חולשתו היחסית שמשון עדיין היה אדם גדול ממדים, ועבודה מעגלית ומונוטונית זו כלל אינה דורשת ראייה [ביאור שטיינזלץ].
מנגד, קיימת דרשת חז"ל המעניקה למילה "טוחן" משמעות שונה לחלוטין, ולפיה הפלשתים היו מביאים את נשותיהם לבית האסורים כדי שיתעברו משמשון וילדו גיבורים כמותו [רש"י]. בעוד שחלק מהפרשנים דוחים דרשה זו בטענה שאין בה היגיון משום שכוחו של שמשון כבר סר ממנו [רד"ק], יש המיישבים אותה בדרך מקורית. לפי הסבר זה, הפלשתים לא דרשו משמשון לשכב עם נשותיהם, אלא הבעלים היו מקיימים יחסים עם נשותיהם בנוכחותו, מתוך אמונה שכאשר האישה תסתכל על שמשון בשעת המעשה, היא תלד לבעלה ילד חסון כמותו [אלשיך].