ענישתה של העיר פנואל בידי גדעון מהווה נקודת שיא של תגובה תקיפה כלפי חוסר סולידריות לאומית, כאשר העונש מסלים מהרס רכוש לפגיעה בנפש. הכתוב מתאר כי גדעון וְאֶת מִגְדַּל פְּנוּאֵל נָתָץ, אך מוסיף שגם וַיַּהֲרֹג אֶת אַנְשֵׁי הָעִיר. תוספת זו מעוררת שאלה בקרב הפרשנים, שכן מוקדם יותר איים גדעון רק בנתיצת המגדל ולא בהריגת התושבים.
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שההריגה לא הייתה חלק מהעונש המקורי, אלא תוצאה של התנגדות פעילה. כאשר בא גדעון לנתוץ את המגדל, אנשי העיר העזו פנים, יצאו להילחם בו וניסו להגן על המבנה, ולכן נהרגו במהלך מאבק זה [רד"ק, מצודת דוד, אברבנאל]. מנגד, יש הסבורים כי גדעון אכן הבטיח מראש להרוג אותם כחלק מהעונש המתוכנן, אלא שאיום זה לא נכתב במפורש קודם לכן בכתוב [רלב"ג].
הפרשנים עומדים על כך שעונשם של אנשי פנואל היה חמור משל אנשי סוכות, שנענשו רק בהלקאה בקוצים. ההחמרה מוסברת בכך שלאנשי פנואל לא היה תירוץ להתנהגותם כפי שהיה לאנשי סוכות [מלבי"ם]. יתרה מכך, אף שפנואל הייתה עיר קטנה יותר, תושביה חזרו על אותה תשובה מחוצפת שכבר ניתנה בסוכות, מה שהגביר את כעסו של גדעון [ביאור שטיינזלץ], והם הפגינו עזות מצח שנבעה מביטחונם המופרז במגדל המבוצר שלהם [רד"ק].
מעבר להתנגדות הנקודתית, הענישה הקשה נבעה משלושה חטאים מהותיים של אנשי סוכות ופנואל כאחד: הם נמנעו מלבוא לעזרת ה' במלחמה למרות קרבתם לחזית; הם מנעו צדקה בסיסית של לחם ומים מלוחמים עייפים; והם דיברו קשות ומרדו בגדעון, שמעמדו היה כשל מלך, ומורד במלכות חייב מיתה. הריגת אנשי פנואל, שהעזו להילחם בו בפועל, נועדה לשמש לקח פומבי ומהדהד לכל עם ישראל לבל יעזו לחזור על התנהגות רעה ובוגדנית שכזו [אברבנאל].